作为法人代表，若款项被合伙人收取，核心处理方式需根据具体情况确定，关键在于明确款项性质、公司章程及合伙协议约定，并采取相应法律措施保障公司权益。以下分情况详细说明：

1. 若款项属于公司收入，合伙人无权擅自收取
   根据《公司法》第三条，公司是企业法人，拥有独立的财产权，公司收入应归公司所有，任何个人（包括股东、合伙人）均无权擅自处置。若合伙人未经授权收取公司款项，可能构成以下行为：

   • 违反公司章程或合伙协议：若公司章程或合伙协议明确约定款项收取流程（如需法人代表签字、财务部门统一管理等），合伙人擅自收取可能构成违约，公司可依据协议追究其违约责任（如赔偿损失、返还款项等）。
     
   • 侵占公司财产：若合伙人将款项据为己有或挪作他用，可能涉嫌《刑法》第二百七十一条规定的“职务侵占罪”（若数额较大）或《刑法》第二百七十二条规定的“挪用资金罪”（若挪用资金归个人使用或借贷给他人）。公司可向公安机关报案，要求追究其刑事责任，同时可提起民事诉讼要求返还款项及赔偿损失。
     
   • 表见代理风险：若合伙人以公司名义收取款项，且相对方有理由相信其有代理权（如持有公司公章、合同等），可能构成表见代理，公司需承担付款责任后，再向合伙人追偿。此时需尽快收集证据（如通知相对方款项收取违规、要求返还等），避免损失扩大。

2. 若款项属于合伙人个人收入，但以公司名义收取
   若合伙人实际提供服务或销售商品，但以公司名义收取款项（如借用公司账户、名义等），可能涉及以下问题：

   • 混淆公司财产与个人财产：根据《公司法》第二十条，股东不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人利益。若合伙人将个人收入与公司收入混同，可能被认定为“法人人格否认”，公司需对合伙人个人债务承担连带责任。公司应立即要求合伙人停止此类行为，并梳理财务记录，明确款项归属。
     
   • 税务风险：若合伙人以公司名义收取款项但未申报纳税，可能涉及偷逃税款，公司可能被税务机关追缴税款及滞纳金，甚至面临行政处罚。公司应督促合伙人补缴税款，并保留相关证据（如合同、转账记录等）以自证清白。

3. 建议采取的行动步骤

   • 第一步：固定证据：收集所有与款项收取相关的证据，包括合同、转账记录、聊天记录、公司章程、合伙协议等，明确款项性质、收取时间、金额及用途。
     
   • 第二步：内部沟通：与合伙人沟通，要求其说明款项收取原因及用途，并书面确认款项归属。若合伙人拒绝配合，可发送律师函警告其停止侵权行为。
     
   • 第三步：法律行动：根据证据及沟通结果，选择以下方式维权：
     
     • 若款项属公司所有且合伙人拒不返还，可提起民事诉讼（案由：不当得利纠纷或损害公司利益责任纠纷），要求返还款项及赔偿损失；
       
     • 若涉嫌刑事犯罪，可向公安机关报案，要求追究其刑事责任；
       
     • 若涉及税务问题，可向税务机关举报，要求查处偷逃税款行为。
       
   • 第四步：完善公司治理：修订公司章程及合伙协议，明确款项收取流程、财务审批权限及违约责任，避免类似问题再次发生。

总结：法人代表发现合伙人擅自收取款项后，应首先明确款项性质及公司内部规定，通过沟通、法律函件或诉讼等方式追回款项，并完善公司治理以防范风险。若涉及复杂情况（如刑事犯罪、税务问题等），建议进一步向我咨询具体操作方案。