违停90秒罚款100元是否合理，需结合具体法律条款和地方性法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度展开分析：

1. 从《道路交通安全法》及其实施条例的普遍性规定看
   根据《道路交通安全法》第五十六条，机动车应在规定地点停放，禁止在人行道上停放（施划停车泊位除外）；在道路上临时停车的，不得妨碍其他车辆和行人通行。但该法未明确规定“违停时长”与“罚款金额”的直接对应关系，而是以“是否妨碍通行”为核心判断标准。因此，若90秒内已实际妨碍其他车辆或行人通行，从法律原则角度，处罚具有合理性；若未造成妨碍，则可能存在争议。

2. 从地方性法规的细化规定看
   部分城市通过地方立法对违停行为设定了更具体的规则。例如：

   • 深圳：根据《深圳经济特区道路交通安全违法行为处罚条例》，在禁止停车路段违停，即使未造成交通堵塞，也可能被罚款500元；若妨碍其他车辆行人通行，罚款可达2000元。但未明确“时长”标准，实践中可能结合现场情况综合判定。
     
   • 杭州：通过“电子警察”抓拍违停，部分路段设置“即停即走”区域，若超时（如3分钟）可能被处罚，但罚款金额通常为50-150元，90秒罚款100元需核对当地具体规定。
     结论：若当地法规明确规定“违停超90秒即罚款100元”，且该规定不违反上位法（如《行政处罚法》中“过罚相当”原则），则处罚合法；若地方无此明确规定，则可能存在程序或实体瑕疵。

3. 从“过罚相当”原则看
   根据《行政处罚法》第五条，设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。若90秒违停未造成交通拥堵、事故等后果，直接罚款100元可能被认为“处罚过重”；但若在狭窄道路、学校门口等重点区域，90秒已足以引发安全隐患，则罚款金额可能被认可。
   建议：可向当地交警部门申请查阅处罚依据的法规条款，或通过行政复议、诉讼途径主张权利。

4. 从执法程序合法性看
   即使处罚实体合理，程序也需合法。例如：

   • 是否在违停现场设置明显禁停标志？
     
   • 是否通过合法方式（如贴条、短信通知）告知车主？
     
   • 车主是否有陈述、申辩权利？
     若程序存在瑕疵（如未告知即处罚），可能影响处罚效力。

总结建议：

• 若您认为处罚不合理，可先核对当地违停相关法规（可通过政府官网或交警部门查询），确认是否存在“90秒罚款100元”的明确规定；
  
• 若规定存在但您认为过罚不当，可尝试与交警部门沟通，或通过行政复议、诉讼维权；
  
• 若规定不明确或程序违法，可主张撤销处罚。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的违停处罚规则或维权流程。