在离婚案件第二次起诉开完庭后，理论上仍可以向法院申请调取分居证明，但具体能否成功调取及该证据的采纳情况，需结合案件实际情况及法院的审查判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、申请调取分居证明的法律依据与可行性
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。在离婚案件中，分居证明作为证明夫妻感情破裂的重要证据之一，若当事人因客观原因无法自行获取（如对方不配合、相关证据由第三方保管等），可以向法院提出申请，请求法院调取。
二、申请调取分居证明的时机与注意事项
时机选择：
- 虽然在第二次起诉开完庭后理论上仍可以申请调取分居证明，但通常建议在庭审前或庭审过程中提出申请。这样，法院可以在审理过程中及时调取并审查该证据，有助于案件的顺利审理。
- 若在庭审结束后提出申请，法院可能会认为该证据并非审理案件所必需，或者因案件已审理完毕而拒绝调取。但并非绝对，若法院认为该证据对案件结果有重大影响，仍可能同意调取。
注意事项：
- 申请调取分居证明时，应明确说明调取的具体内容、目的及理由，并提供相关线索或初步证据，以证明该证据的存在及与案件的关联性。
- 法院在审查申请时，会综合考虑案件的实际情况、证据的必要性及调取的可行性等因素，作出是否同意调取的决定。
三、分居证明的替代证据与证明方式
若无法成功调取分居证明，或调取的证据不足以证明分居事实，当事人还可以通过其他方式证明分居事实及夫妻感情破裂：
- 异地居住证：若分居期间一方在另一个城市居住，并有相应的居住证，这可以作为分居的证据。
- 分居协议：若双方在分居时有签订分居协议，该协议也可以作为分居的证明。
- 房屋租赁合同：若分居期间一方租住了其他住房，房屋租赁合同以及相关的租金支付记录等，都可以作为分居的旁证。
- 通讯记录：双方分居期间的通讯记录，如短信、邮件、聊天记录等，若内容能够证明双方处于分居状态，也可以作为证据。
- 亲友证言：若有亲友知道并了解双方分居的情况，他们的证言也可以作为证据，尤其是在法庭上能够证实双方分居的时间和原因。
四、法律后果与建议
- 法律后果：若法院最终认定夫妻感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。其中，因感情不和分居满二年是法定准予离婚的情形之一。但需注意，分居证明并非离婚的唯一证据，法院会综合考虑所有证据及案件实际情况作出判决。
- 建议：在离婚案件中，建议当事人积极收集并整理相关证据，包括分居证明、夫妻感情破裂的其他证据等。同时，在庭审过程中，应如实陈述案件事实，配合法院的审理工作。若对法律程序或证据收集有疑问，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。