同一公司的二类和三类医疗器械经营质量负责人可以不是同一个人。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法规层面分析
根据《医疗器械经营质量管理规范》等相关法规，对于医疗器械经营企业的质量负责人设置，主要关注的是质量负责人的资质、经验和能力，以确保其能够胜任质量管理工作，保障医疗器械的质量安全。法规并未明确规定二类和三类医疗器械经营的质量负责人必须为同一人。因此，从法规层面来看，同一公司的二类和三类医疗器械经营质量负责人可以不是同一个人。
二、实际操作层面分析
企业自主管理：在实际操作中，企业可以根据自身的经营规模、业务范围和管理需求，自主决定是否设置统一的质量负责人或分别设置二类和三类医疗器械经营的质量负责人。如果企业认为二类和三类医疗器械的经营在质量管理上有显著差异，或者为了更专注于各自领域的质量管理，选择分别设置质量负责人是合理的。
质量管理体系的独立性：二类和三类医疗器械在风险等级、监管要求等方面存在差异。因此，企业可能需要根据不同类别的医疗器械，建立相对独立的质量管理体系。在这种情况下，分别设置质量负责人有助于更好地实施和监督质量管理体系的运行。
三、建议与注意事项
确保质量负责人资质：无论选择统一设置还是分别设置质量负责人，企业都应确保质量负责人具备相应的资质和经验，能够胜任质量管理工作。这包括具备相关的专业知识、技能和经验，以及熟悉医疗器械经营的相关法规和标准。
加强内部沟通与协调：如果企业选择分别设置二类和三类医疗器械经营的质量负责人，应加强内部沟通与协调，确保两个质量管理体系之间的有效衔接和协同工作。这有助于避免质量管理上的漏洞和重复劳动，提高整体质量管理效率。
关注法规更新与变化：医疗器械行业的法规和标准不断更新和变化。企业应密切关注相关法规的更新和变化，及时调整和完善质量管理体系，确保始终符合法规要求。
综上所述，同一公司的二类和三类医疗器械经营质量负责人可以不是同一个人。企业在做出决策时，应综合考虑法规要求、自身经营规模和业务范围等因素，确保质量管理的有效性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。