结论：农村机动地被占分到个人时，村里扣除40%是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、机动地的性质与分配原则
机动地，通常指的是农村集体经济组织在土地承包经营权分配时，预留的一部分土地，用于调整承包地或者解决新增人口的土地问题。其分配原则应遵循公平、公正、公开，且需符合相关法律法规及村规民约。
二、扣除比例的合理性分析
法律法规层面：
- 目前，我国并没有直接规定机动地被占分到个人时，村里应扣除的具体比例。因此，扣除40%的比例是否合理，首先需查看当地是否有相关的地方性法规或政策对此有明确规定。
- 若无明确规定，则应依据《土地管理法》、《农村土地承包法》等相关法律法规的精神，判断该扣除比例是否侵犯了村民的合法权益，是否违背了公平、公正的原则。
村规民约层面：
- 村规民约是村民自治的重要体现，对于机动地的分配和管理，村里可能制定了相应的村规民约。若扣除40%的比例是依据村规民约执行的，且该村规民约的制定程序合法、内容合理，不违反法律法规的强制性规定，则该扣除比例可能是合理的。
- 但若村规民约的制定程序存在瑕疵，或者内容违反了法律法规的强制性规定，那么该扣除比例就可能被认定为不合理。
实际情况与公平性考量：
- 扣除比例的合理性还需结合实际情况进行考量。例如，机动地被占的原因、占用土地的面积、占用土地的用途、对村里整体利益的影响等。
- 若扣除40%的比例能够确保村里其他村民的合法权益不受损害，且该比例在村里得到了广泛认可和支持，那么该扣除比例可能是合理的。
- 但若扣除比例过高，导致被分配土地的村民利益受损，或者该比例在村里引发了争议和不满，那么该扣除比例就可能被认定为不合理。
三、建议与措施
- 查阅相关法律法规和政策：首先，应查阅当地是否有关于机动地分配和管理的相关法律法规和政策，以明确扣除比例的合法性和合理性。
- 审查村规民约：其次，应审查村里制定的关于机动地分配和管理的村规民约，判断其制定程序是否合法、内容是否合理。
- 协商与调解：若对扣除比例存在争议，建议村民之间、村民与村里之间进行协商和调解，以寻求双方都能接受的解决方案。
- 法律途径：若协商和调解无果，且认为扣除比例侵犯了自己的合法权益，村民可以依法向当地农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
最后，农村机动地被占分到个人时村里扣除40%的比例是否合理，需结合具体情况进行判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。