结论：农村机耕道修好多年后，有人说修路占的是他的林地不让通行，这一行为是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，若机耕道修建时已依法取得林地使用权或经过合法审批，且通行行为未超出必要限度，则不让通行的行为不合法；反之，若机耕道修建确实存在侵权或违法情形，则对方有权要求停止侵害或寻求法律救济。
分析说明：
机耕道修建的合法性：
- 合法审批：如果机耕道的修建是经过当地政府或相关部门的合法审批，且按照规定的程序和标准进行，那么该机耕道的修建就是合法的。在此情况下，即使机耕道占用了部分林地，也是基于公共利益的需要，且已依法进行了补偿或安置，因此，林地所有者或使用者应予以配合，不得无故阻挠通行。
- 非法占用：如果机耕道的修建未经合法审批，或者虽然经过审批但未按照规定的程序和标准进行，导致非法占用了林地，那么这一行为就是违法的。在此情况下，林地所有者或使用者有权要求停止侵害、恢复原状或寻求法律救济。
通行行为的合理性：
- 必要通行：机耕道作为农村地区的重要交通设施，其通行行为应基于必要性和合理性。如果通行行为是为了满足农村生产、生活的需要，且未超出必要的限度，那么林地所有者或使用者应予以容忍和配合。
- 过度使用：如果通行行为超出了必要的限度，如大量车辆频繁通行、造成林地严重破坏等，那么林地所有者或使用者有权要求限制通行或寻求法律救济。
林地所有者的权益保护：
- 权益受损：如果林地所有者认为机耕道的修建或通行行为侵犯了其合法权益，如林地使用权、收益权等，那么其有权要求停止侵害、恢复原状或寻求法律救济。在此情况下，林地所有者应提供充分的证据证明其权益受损的事实和原因。
- 协商解决：在发生纠纷时，双方应首先尝试通过协商的方式解决。如果协商无果，可以寻求当地政府或相关部门的调解或仲裁。如果仍无法解决，可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
行动建议：
- 对于机耕道修建方：应确保机耕道的修建符合法律法规的规定，经过合法审批，并按照规定的程序和标准进行。同时，应尊重林地所有者的合法权益，与其进行充分沟通，协商解决可能出现的纠纷。
- 对于林地所有者：如果认为机耕道的修建或通行行为侵犯了其合法权益，应首先收集相关证据，如林地权属证明、机耕道修建审批文件、通行行为记录等。然后，可以尝试与机耕道修建方进行协商解决；如果协商无果，可以寻求当地政府或相关部门的调解或仲裁；如果仍无法解决，可以向人民法院提起诉讼。
法律依据：
- 《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规对土地的使用、审批、补偿等进行了明确规定，为处理此类纠纷提供了法律依据。
- 《中华人民共和国民法典》中关于物权保护、侵权责任等条款，也为林地所有者维护自己的合法权益提供了法律支持。
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