自主装修更换窗户是否合法，这主要取决于具体的操作方式和是否遵循了相关的法律法规。
首先，我们要明确的是，如果更换窗户的行为涉及到改变住宅的外立面或者在非承重外墙上开门、窗，那么根据《住宅室内装饰装修管理办法》的相关规定，这种行为是需要经过城市规划行政主管部门批准的。未经批准擅自进行这样的改动，是违法的，并可能会受到相应的处罚。
以您提供的嘉定区新成路街道的案例为例，有些业主为了增加采光和通风，将原本的门窗换个位置，使室内窗户正对走廊窗户。虽然这种改动看似是为了改善居住条件，但如果这种改动涉及到了公共走道或者改变了住宅的外立面，且没有经过相关部门的批准，那么这种行为就是违法的。城管部门在接到投诉后，会立即进行调查，并依据相关法律法规对违法行为进行处罚，同时要求业主恢复原状。
因此，如果您打算自主装修并更换窗户，我建议您先了解清楚相关的法律法规，确保您的改动不会违反规定。具体来说，您可以：
咨询当地城市规划行政主管部门：了解更换窗户是否需要批准，以及需要提交哪些材料和遵循哪些流程。
与物业公司沟通：如果您居住在小区内，最好先与物业公司沟通，了解小区的管理规定和装修要求，确保您的装修行为不会影响到其他业主的正常生活。
选择正规的装修公司：选择有资质、有经验的装修公司进行装修，他们通常会更了解相关的法律法规和装修规范，能够为您提供更专业的建议和服务。
总之，自主装修更换窗户是否合法，取决于您是否遵循了相关的法律法规和装修规范。为了确保您的装修行为合法合规，我建议您在装修前先进行充分的了解和咨询。