核心结论：针对新公司法实施前认缴制下股东已实际出资但未做任职证明的情况，可通过补办出资证明、完善公司章程及股东名册、办理工商变更登记、留存出资证据等措施进行补救，必要时可寻求法律救济。以下是具体分析：

1. 补办出资证明文件

   • 操作方式：公司应立即为股东补开正式的出资证明书，明确记载股东姓名、出资额、出资方式、出资时间等关键信息，并加盖公司公章。若以非货币财产出资，还需附上资产评估报告或产权转移证明。
   • 法律依据：根据《公司法》第三十一条（现行法条，原认缴制下亦有类似规定），有限责任公司成立后，应向股东签发出资证明书，作为股东权利义务的凭证。

2. 完善公司内部登记与章程

   • 股东名册更新：将股东出资信息录入公司股东名册，并由股东签字确认，确保公司内部记录与实际出资情况一致。
   • 章程修正案：若出资情况影响公司章程中股东出资比例、股权结构等条款，需召开股东会形成决议，修改公司章程并报工商部门备案。

3. 办理工商变更登记（如需）

   • 适用情形：若原认缴出资与实际出资不一致（如认缴100万但实际出资200万），或需调整股权比例，需向工商部门申请变更登记，提交出资证明、验资报告（如需）等材料。
   • 注意事项：新公司法实施后，工商部门可能对出资信息核查更严格，建议提前咨询当地登记机关要求。

4. 留存出资证据链

   • 证据类型：包括银行转账记录、资产评估报告、产权过户文件、公司收款收据、股东会决议等，形成完整证据链证明出资事实。
   • 作用：预防未来股权纠纷（如其他股东质疑出资不实），或在公司债务纠纷中作为股东已履行出资义务的证明。

5. 法律救济途径

   • 股东协议补充：若股东间有口头或书面协议约定出资义务，可补充签订协议明确权利义务，避免后续争议。
   • 诉讼确认：若公司或其他股东拒绝配合补办手续，股东可向法院提起“股东资格确认之诉”，要求法院判决确认其股东身份及出资额。

温馨提示：补救措施需根据公司实际情况选择，建议优先通过协商内部解决，若涉及复杂股权结构或争议，可进一步向我咨询具体操作方案。