监管部门对于自然人违建房屋确实负有一定的责任，但具体责任需根据违建情况、监管部门的职责范围及行为表现来综合判断。以下从几个方面进行详细分析：
一、监管部门的职责范围
监管部门，如城市规划部门、城管执法部门等，其核心职责之一就是确保城市规划的实施，维护城市建设的秩序。这包括对违法建筑的查处和拆除。因此，当自然人违建房屋时，监管部门有责任进行调查、认定，并依法采取相应的措施。
二、监管部门的责任类型
行政责任：如果监管部门在发现违建后未及时履行查处职责，或者查处不力，导致违建房屋得以建成或继续存在，那么监管部门可能因行政不作为或行政不当而承担行政责任。这可能包括上级部门的批评、通报，甚至对相关责任人的行政处分。
法律责任：在极端情况下，如果监管部门的失职行为导致了严重的后果，如违建房屋倒塌造成人员伤亡，那么监管部门还可能因玩忽职守等罪名而承担刑事责任。当然，这需要具体分析监管部门的失职行为与后果之间的因果关系。
三、监管部门责任的具体表现
发现与报告：监管部门有责任及时发现违建行为，并向上级部门或相关部门报告。这是其履行职责的第一步，也是后续查处工作的基础。
调查与认定：对于发现的违建行为，监管部门需要进行详细的调查，包括违建的性质、规模、影响等，并依法进行认定。这是后续采取查处措施的前提。
查处与拆除：根据调查和认定的结果，监管部门需要依法对违建房屋进行查处，包括责令停止建设、限期拆除等。如果违建房屋拒不拆除，监管部门还可以依法申请强制执行。
四、特殊情况下的责任分析
历史遗留问题：对于一些历史遗留的违建房屋，如果监管部门在之前的监管中存在疏忽或遗漏，那么其责任可能相对较轻。但这并不意味着监管部门可以完全免责，而是需要根据具体情况进行综合判断。
多方责任：在违建房屋的查处过程中，可能涉及多个监管部门或相关方的责任。例如，规划部门可能负责规划审批，城管执法部门可能负责查处违建。在这种情况下，需要明确各方的职责范围，避免责任推诿。
总结与建议：
监管部门对于自然人违建房屋确实负有一定的责任，但具体责任需根据违建情况、监管部门的职责范围及行为表现来综合判断。如果你发现身边有违建房屋或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。