房产证（不动产权证书）上加盖自然资源部门的公章，在符合相关法律法规和程序的情况下，是合法有效的。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与机构职责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百一十条的规定，不动产登记由不动产所在地的登记机构办理，国家对不动产实行统一登记制度。这为不动产登记提供了明确的法律依据，确立了不动产登记的合法性和必要性。
机构职责调整：
- 在不动产统一登记制度实施前，房屋产权登记等工作可能由房产管理部门等多个部门分别负责。
- 随着不动产统一登记制度的推进，自然资源部门承担了不动产登记等重要职责，负责对土地、房屋等不动产进行统一登记，并颁发不动产权证书。
二、盖章有效的条件
依法依规登记：
- 自然资源部门需按照《不动产登记暂行条例》等相关法律法规的规定，对不动产的权属、界址、面积等进行核实、调查、审核等一系列严格的程序。
- 只有在这些程序都合法合规完成后，颁发的不动产权证书上加盖的公章才具有法律效力。
真实准确信息：
- 证书上所记载的内容必须真实、准确地反映不动产的实际情况。
- 包括权利人信息、不动产的坐落、面积、用途等重要信息都应与实际相符，以确保证书的权威性和可信度。
三、特殊情况下的效力问题
违法违规操作：
- 如果自然资源部门的工作人员在登记过程中存在违法违规行为，如违反法定程序进行登记、故意错误登记或与他人恶意串通进行虚假登记等，该证书可能会被依法撤销或认定为无效。
存在争议未解决：
- 如果该不动产存在权属争议且尚未依法解决，此时颁发的不动产权证书其效力可能存在不确定性，需要待争议解决后才能确定其最终效力。
四、实际印章使用情况
- 在实际操作中，房产证曾加盖地方房管部门的印章，而土地证则加盖国土局的印章。
- 如今新办的是不动产证书，即原来的房产证和土地证两证合一，由不动产登记中心办理，而不动产登记中心属于自然资源局下属二级机构，因此不动产权证书上盖的是自然资源局不动产登记专用章。
五、建议
- 如果您对房产证上的公章有任何疑问或需要进一步确认其效力，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。
- 同时，也提醒广大市民在办理不动产登记时，务必遵循相关法律法规和程序要求，确保登记信息的真实性和准确性，以维护自己的合法权益。
综上所述，房产证（不动产权证书）上加盖自然资源部门的公章是符合法律规定的，具有法律效力。但如果您遇到特殊情况或存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。