子公司股东在母公司合并时，通常会被视为关联方，但具体还需根据合并的具体情况和关联方的定义来判断。以下从不同角度进行分析：
一、关联方的法律定义
根据《企业会计准则第36号——关联方披露》及相关法律法规，关联方通常指的是一方控制、共同控制另一方，或对另一方施加重大影响，以及两方或两方以上同受一方控制、共同控制或重大影响的情况。在母公司合并子公司的情境中，母公司对子公司通常具有控制权，因此子公司与母公司之间构成关联关系。而子公司的股东，如果其持股比例达到一定水平，能够对子公司的经营决策产生重大影响，或者与母公司存在其他关联关系（如母公司的股东、董事、高级管理人员等同时是子公司的股东），则这些股东在母公司合并子公司时，也可能被视为关联方。
二、母公司合并子公司的具体情境
合并方式：母公司合并子公司可能采取吸收合并或新设合并的方式。在吸收合并中，子公司被母公司吸收，子公司的法人资格消灭，其资产、负债等由母公司承继。在新设合并中，母公司和子公司均消灭，共同设立一个新的公司。无论哪种方式，子公司的股东在合并后的实体中的权益都会受到影响。
股东权益：在合并过程中，子公司的股东通常会获得一定的补偿，如现金、股份或其他形式的资产。这些补偿的确定往往与股东在子公司中的权益比例、子公司的净资产价值以及合并协议的具体条款等因素有关。如果子公司的股东与母公司存在关联关系，那么这种补偿的确定可能会受到更多关注，以确保公平性和合规性。
三、关联方认定的实际考量
在实际操作中，认定子公司股东是否为母公司合并时的关联方，还需要考虑以下因素：
持股比例：如果子公司的股东持股比例较高，能够对子公司的经营决策产生重大影响，那么这些股东更有可能被视为关联方。
控制关系：如果子公司的股东与母公司存在控制关系，如母公司的股东同时是子公司的控股股东，那么这些股东在母公司合并子公司时，无疑会被视为关联方。
交易性质：如果子公司的股东与母公司之间存在频繁的交易或经济往来，且这些交易或往来在合并过程中可能产生利益冲突或影响合并的公平性，那么这些股东也可能被视为关联方。
四、法律建议
对于母公司合并子公司时子公司股东的关联方认定问题，建议如下：
详细审查合并协议：合并协议中应明确关联方的定义和认定标准，以及关联方在合并过程中的权利和义务。
进行尽职调查：在合并前，应对子公司的股东进行尽职调查，了解其持股比例、控制关系、交易性质等情况，以便准确认定关联方。
遵循公平原则：在合并过程中，应确保关联方的权益得到公平对待，避免利益冲突和不当行为的发生。
咨询专业律师：由于关联方认定涉及复杂的法律问题和实际情况考量，建议在合并过程中咨询专业律师的意见，以确保合规性和公平性。
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