违约金一般是按照合同约定来计算，既可能是按剩余欠款计算，也可能是按全部欠款计算，具体取决于合同中的约定条款。以下从不同角度为你详细分析：

合同有明确约定的情况

在民间借贷或经济纠纷中，合同是双方权利义务的重要依据。如果合同中明确规定了违约金的计算方式，比如“若乙方违约，需按剩余欠款的X%支付违约金”或者“若乙方违约，需按全部欠款的X%支付违约金”，那么双方就应当按照合同中的约定来执行。

• 按剩余欠款计算违约金：这种方式通常考虑的是违约方尚未履行的部分，即违约行为对守约方造成的实际损失可能主要集中在剩余欠款部分。例如，合同约定借款总额为10万元，已还款5万元，剩余5万元未还，若合同规定违约金按剩余欠款计算，且比例为10%，则违约金为5000元（5万元×10%）。

• 按全部欠款计算违约金：这种方式则不考虑违约方已经履行的部分，而是将整个合同金额作为计算违约金的基数。这种约定可能更侧重于对违约行为的惩罚性，或者考虑到违约行为可能对整个合同履行造成的全面影响。例如，同样借款总额为10万元，已还款5万元，剩余5万元未还，若合同规定违约金按全部欠款计算，且比例为5%，则违约金为5000元（10万元×5%），但这种情况下，违约金相对于剩余欠款的比例实际上更高，体现了对违约行为的更严厉惩罚。

合同没有明确约定的情况

如果合同中没有明确约定违约金的计算方式，那么双方可能需要通过协商来确定。在协商过程中，可以考虑违约行为的性质、程度、对守约方造成的损失等因素，以及行业惯例、市场情况等，来合理确定违约金的数额。

• 协商确定：双方可以基于诚实信用原则，结合实际情况，协商确定一个既公平又合理的违约金数额。这种方式灵活性强，能够充分考虑双方的利益和诉求。

• 法院或仲裁机构裁决：如果双方无法协商一致，那么可能需要通过法院诉讼或仲裁机构仲裁的方式来解决纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据相关法律法规、合同条款（如果有的话）、双方提交的证据以及实际情况等，来裁决违约金的数额。

法律限制与合理性审查

无论合同如何约定，违约金的数额都应当受到法律的限制和合理性审查。根据《民法典》等相关法律法规的规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。

• 过分高于损失的调整：如果违约金数额明显超过了违约行为给守约方造成的实际损失，那么违约方可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。这是为了防止违约金成为一方利用合同条款谋取不正当利益的工具。

• 低于损失的增加：相反，如果违约金数额低于违约行为给守约方造成的实际损失，那么守约方可以请求法院或仲裁机构予以增加。这是为了保障守约方的合法权益不受侵害。

在实际操作中，建议双方在签订合同时就明确约定违约金的计算方式，并尽量做到公平合理。如果发生纠纷，也建议双方首先通过协商来解决；协商不成的，再寻求法律途径解决。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。