刑事案件的司法鉴定可由侦查机关、人民检察院、人民法院以及犯罪嫌疑人、被害人及其法定代理人或近亲属等提出或申请，但最终决定权及正式委托主要由司法机关（侦查机关、检察院、法院）行使；当事人虽可自行委托，但仅法院委托的鉴定具有直接证据效力。以下是对此问题的详细分析：
一、侦查阶段
- 委托主体：主要是公安机关（极少数案件由检察院侦查）。在办理各类刑事案件时，公安机关为了查明案情，解决案件中某些专门性问题，如死因、伤害程度、物证、书证等，有权依法委托有资质的司法鉴定机构进行鉴定。例如，在盗窃案件中，对于被盗物品价值难以确定时，公安机关会委托价格鉴定机构进行评估。
- 程序要求：侦查机关应提供足够的鉴定材料，并明确鉴定的具体要求和目的。鉴定机构在接受委托后，会依据专业知识、技术标准和鉴定规则进行鉴定，并出具鉴定意见。
二、审查起诉阶段
- 委托主体：人民检察院。在审查起诉阶段，人民检察院为了进一步查明案情，也可进行司法鉴定。例如，在涉及财务造假的贪污案件中，人民检察院会委托司法会计进行账目鉴定，以确定犯罪金额等关键事实。
- 具体程序：鉴定需由检察长批准，可由人民检察院技术部门有鉴定资格的人员进行，必要时也可聘请外部有鉴定资格的人员，但需征得其所在单位同意。鉴定意见完成后，人民检察院会将其作为证据之一进行审查和使用。
三、审判阶段
- 委托主体：人民法院。在审判阶段，为了准确认定案件事实，若认为有必要，人民法院可主动委托司法鉴定机构进行鉴定。例如，在复杂的知识产权犯罪案件中，法院可委托专业知识产权鉴定机构进行鉴定。
- 法律权限：人民法院在调查核实证据时，拥有进行勘验、检查、扣押、鉴定等多种权力。鉴定意见完成后，人民法院会将其作为证据之一进行审查，并听取当事人的意见。若当事人对鉴定意见有异议，可申请重新鉴定或申请专家证人出庭质证。
四、当事人权利与申请
- 权利主体：犯罪嫌疑人、被害人及其法定代理人或近亲属。
- 权利内容：有权提出鉴定申请，以证明自己无罪、罪轻或对关键事实有不同意见；对鉴定意见有异议时，可申请补充鉴定或重新鉴定。这一申请通常需经公安机关或人民检察院的批准，但在审判阶段，也可直接向人民法院提出。
- 实际效力：虽然当事人可自行委托司法鉴定机构进行鉴定，但此类鉴定不具有直接的证据效力。仅法院委托的司法鉴定才具有直接证据效力，对案件的判决产生直接影响。
五、司法鉴定机构受理与鉴定意见的使用
- 主要受托方：司法鉴定机构主要接受司法机关（公安机关、检察院、法院）的司法鉴定委托。在诉讼案件中，当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可接受当事人的委托，但需明确其鉴定结果可能不具备直接证据效力。
- 鉴定意见的使用：办案机关在办理案件时，应将鉴定意见作为证据之一进行审查和使用。当事人对鉴定意见有异议的，可依法行使自己的权利，申请重新鉴定或申请专家证人出庭质证。
总结来说，刑事案件中的司法鉴定是一个涉及多个诉讼阶段和多方主体的复杂过程。了解并掌握各阶段的委托主体、程序要求及法律效力，对于维护当事人合法权益、确保案件公正处理具有重要意义。若您在刑事案件中遇到司法鉴定相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。