关于债务人为国家机关的债权转让，未通知政府部门优先收购时债权转让是否无效的问题，结论如下：

1. 债权转让的生效要件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十五条，债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但有特定情形（如根据债权性质不得转让、按照当事人约定不得转让、依照法律规定不得转让）的除外。在您描述的情形中，若债权本身不属于禁止转让的范围，则债权转让在转让人与受让人之间自协议成立时即有效。
   • 债权转让的生效并不以通知债务人为前提，在转让人与受让人之间，债权转让协议一旦成立并符合法定有效要件（如双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗），即产生法律效力。

2. 通知债务人对债权转让的效力影响：

   • 依据《中华人民共和国民法典》第五百四十六条，债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。这意味着，在未通知债务人（在此为国家机关）之前，债务人并不知道债权已经发生转让，其仍应向原债权人履行债务。
   • 通知债务人是债权转让对债务人生效的要件。只有当债权人将债权转让的事实通知债务人后，债权转让才对债务人生效，债务人应向受让人履行债务。

3. 关于政府部门优先收购的特别考虑：

   • 您提到的“政府部门优先收购”可能涉及特定领域的法律规定或政策要求，如国有资产转让、土地使用权转让等。然而，在一般的债权转让中，并不存在政府部门优先收购的法定要求。
   • 如果债权转让涉及特定领域或特定类型的资产，且相关法律法规或政策规定了政府部门或特定主体的优先购买权，那么未通知相关部门或未遵循相关程序进行转让的，可能会影响转让的效力。但这种情况通常不属于一般债权转让的范畴，而是需要依据特定领域的法律法规进行判断。

4. 实际操作建议：

   • 在进行债权转让时，无论债务人是否为国家机关，都应确保及时、有效地通知债务人，以确保转让行为的合法性和有效性。
   • 如果债权转让涉及特定领域或特定类型的资产，且可能存在政府部门或特定主体的优先购买权，建议在进行转让前咨询相关领域的专业律师或机构，以了解并遵守相关法律法规和政策要求。

总结来说，债务人为国家机关的债权转让，在转让人与受让人之间自协议成立时即有效，但未经通知债务人（国家机关），该转让对债务人不发生效力。若债权转让涉及特定领域或特定类型的资产，且存在政府部门或特定主体的优先购买权，则需遵循相关法律法规和政策要求进行转让。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。