集团公司律师能否代理集团公司二级独立法人案件的结论，需分情况讨论：

1. 若集团公司律师具备律师执业资格且未违反利益冲突原则：

   • 法律背景：根据《律师法》及相关规定，律师在执业过程中需遵守利益冲突原则，即不得同时代理存在利益冲突的双方或多方当事人。若集团公司律师与二级独立法人之间不存在利益冲突，且该律师具备合法的执业资格，理论上可以接受二级独立法人的委托，代理其案件。
   • 实际操作：在实际操作中，还需考虑律师事务所的内部规定及行业规范。部分律师事务所可能要求律师在代理集团内部不同法人实体案件时，需进行利益冲突审查，并确保代理行为不会损害任何一方的利益。
   • 建议：在决定代理前，集团公司律师应进行全面的利益冲突审查，并确保代理行为符合法律法规及行业规范。同时，应与二级独立法人明确代理权限、代理范围及代理费用等事项，以避免后续纠纷。

2. 若集团公司律师不具备独立执业资格或存在利益冲突：

   • 法律背景：若集团公司律师未取得律师执业资格，或虽取得资格但存在利益冲突（如同时代理与二级独立法人有利益冲突的第三方），则不得代理二级独立法人的案件。
   • 法律后果：若违反利益冲突原则或未取得执业资格而代理案件，可能面临行政处罚（如警告、罚款、停止执业等）及民事责任（如赔偿损失等）。
   • 建议：集团公司应确保其律师具备合法的执业资格，并在代理前进行严格的利益冲突审查。若存在利益冲突或律师不具备执业资格，应寻求外部律师事务所的协助，以确保代理行为的合法性和有效性。

3. 特殊情况下的代理：

   • 法律背景：在某些特殊情况下，如二级独立法人因特殊原因（如财务困难、人员短缺等）无法自行委托律师，且集团公司律师与二级独立法人之间不存在利益冲突，集团公司律师可能可以在获得二级独立法人明确授权的情况下，代理其案件。但这种情况需谨慎处理，并确保所有代理行为均符合法律法规及行业规范。
   • 建议：在特殊情况下代理二级独立法人案件时，集团公司律师应与二级独立法人签订详细的代理协议，明确代理权限、代理范围、代理费用及责任承担等事项。同时，应确保代理行为不会损害二级独立法人的利益，并避免引发不必要的法律纠纷。

总结与进一步思考： 集团公司律师能否代理集团公司二级独立法人的案件，需根据具体情况进行判断。在代理前，应进行全面的利益冲突审查，并确保律师具备合法的执业资格。若存在利益冲突或律师不具备执业资格，应寻求外部律师事务所的协助。同时，在代理过程中，应遵守法律法规及行业规范，确保代理行为的合法性和有效性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。