终止合作时以公司名义打的借条，其有效性需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
借条的合法性基础：
- 借条作为一种债权凭证，其合法性首先取决于其内容是否真实、合法，以及是否反映了双方的真实意思表示。如果借条是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该借条在法律上通常是有效的。
公司名义的借条：
- 当借条以公司名义出具时，需要确认公司是否具有出具借条的合法资格，以及该行为是否得到了公司的合法授权。如果公司确实存在，且出具借条的行为得到了公司董事会的决议或相关授权文件的支持，那么该借条在法律上可能是有效的。
- 然而，如果公司并不存在，或者出具借条的行为未经公司合法授权，那么该借条可能因主体不适格或缺乏合法授权而无效。此外，如果借条上的公司印章是伪造的或被盗用的，那么该借条也将因印章问题而无效。
终止合作与借条的关系：
- 终止合作本身并不直接影响借条的有效性。借条的有效性主要取决于其内容、签订过程以及是否符合法律法规的规定。但是，如果终止合作的过程中存在欺诈、胁迫等不正当手段，导致借条的签订并非双方真实意思表示，那么该借条可能因存在欺诈、胁迫等情形而无效。
- 另外，如果终止合作后，双方就之前的合作款项进行了结算，并形成了新的债权债务关系，且该关系通过借条的形式进行了确认，那么该借条在法律上通常是有效的。但需要注意的是，这种确认应当基于双方的真实意思表示，且不得违反法律法规的强制性规定。
法律建议：
- 在签订借条时，务必确保借条内容真实、合法，并反映双方的真实意思表示。如果以公司名义出具借条，应确保公司具有合法资格，并得到公司的合法授权。
- 在终止合作时，如果双方就之前的合作款项存在争议，建议通过协商、调解或诉讼等合法途径解决，避免通过出具借条等方式来规避法律责任或转移风险。
- 如果对借条的有效性存在疑问，或者担心借条可能存在的法律风险，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
总结来说，终止合作时以公司名义打的借条的有效性取决于多种因素，包括借条的合法性基础、公司名义的合法性、终止合作与借条的关系以及是否存在欺诈、胁迫等情形。因此，在签订和履行借条时，务必谨慎对待，确保符合法律法规的规定，并咨询专业律师的意见。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。