公司债务重组协议通常由公司的财务部门或法务部门牵头，具体取决于公司内部架构及债务重组的复杂程度，以下分情况说明：

1. 财务部门牵头
   在多数情况下，若债务重组主要涉及财务安排（如债务展期、利率调整、债务置换等），且法律风险相对可控，公司会指定财务部门作为主导部门。财务部门需与债权人协商重组方案、制定还款计划，并协调内部资源落实重组条件。此时，法务部门通常作为支持部门，负责审核协议条款的合法性及合规性。

2. 法务部门牵头
   若债务重组涉及复杂法律问题（如破产重整、债权转股权、跨境债务重组等），或需通过司法程序推进（如申请破产保护、参与债权人会议等），公司可能由法务部门主导。法务部门需分析重组方案的法律可行性、设计交易结构、起草或审核协议文本，并协调外部律师、会计师等专业机构提供支持。

3. 跨部门协作机制
   实践中，债务重组往往需要财务、法务、业务部门及管理层共同参与。例如：

   • 财务部门提供债务数据及还款能力分析；
     
   • 法务部门评估法律风险及协议条款；
     
   • 业务部门评估重组对经营的影响；
     
   • 管理层最终决策并对外谈判。
     部分公司可能设立专项工作组，由分管领导统筹，确保各部门协同推进。

建议：公司应根据债务重组的具体类型、规模及法律风险，合理确定牵头部门。若涉及重大法律风险或司法程序，建议优先由法务部门主导，并委托专业律师参与方案设计及协议起草，以降低合规风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询公司法、合同法或破产法相关问题。