关于非法集资案件中店长存款能否返还的问题，结论需视具体情况而定，但总体来说，存在返还的可能性，不过具体能否返还、返还多少以及返还时间等，都需根据案件的具体情况和处理进度来确定。以下从多个角度进行分析：
款项可能返还的情况
- 及时侦破与资金控制：若相关部门能及时介入调查非法集资案件，并在非法集资者尚未将资金大规模转移、隐匿或挥霍前控制住涉案资金和资产，那么这些资金有较大可能被追回并返还给集资参与人，包括店长在内的所有受害者。
- 追缴与退赔情况良好：若非法集资者或相关责任人员能积极配合调查，主动退缴非法所得，那么集资参与人的损失，包括店长的存款，有可能得到一定程度的弥补。
- 法定返还顺序与标准：根据法律规定，无论投资金额大小，只要属于同一集资性质，都会按照法定的返还顺序和同一比率进行清偿。这意味着店长作为集资参与人之一，其存款在符合法定条件的情况下，是有可能按照一定比例得到返还的。
款项可能无法全额返还或难以返还的情况
- 资金被转移、隐匿或挥霍：非法集资者往往采取各种手段逃避法律制裁，导致资金难以追回。如果店长的存款已经被非法集资者转移、隐匿或挥霍，那么这些资金就可能无法追回，进而使得店长的损失难以得到全额弥补。
- 资产变现困难：涉案资产如投资于长期项目或难以快速变现的资产，会面临变现困难的问题。这会影响集资参与人的款项返还，包括店长的存款。
- 集资参与人众多，分配复杂：在大型非法集资案件中，由于集资参与人数众多，资金分配过程复杂，难以做到让每一位集资参与人都满意。店长作为其中之一，其存款的返还也可能受到这一因素的影响。
相关法律规定及返还程序
- 法律规定：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物应予以追缴或者责令退赔，对被害人的合法财产，应当及时返还。这一规定为店长存款的返还提供了法律依据。
- 返还程序：司法机关会对追缴、退赔的资金和资产进行清查、核实和评估，制定具体的资金返还方案，并按照法定程序进行公告和通知。店长作为集资参与人，需按要求提供相关证明材料，经审核确认后方可领取返还款项。
建议与提醒：
- 店长应积极配合相关部门的调查工作，提供必要的证据和信息，以便尽快追回损失。
- 店长应保持警惕，增强风险意识，避免再次陷入非法集资的陷阱。
- 如果店长对返还程序或相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，非法集资案件中店长存款能否返还取决于多种因素。在符合法定条件的情况下，款项是有可能返还的，但具体能否返还、返还多少以及返还时间等，都需根据案件的具体情况和处理进度来确定。因此，店长应保持耐心，并积极配合相关部门的调查工作。