当许可的专利后来被宣告无效时，关于许可合同的效力问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、专利权宣告无效的法律基础与后果
根据《中华人民共和国专利法》的相关规定，被宣告无效的专利权视为自始即不存在。这一规定意味着，该专利从未获得过有效的法律保护，其法律效果追溯至专利权授予之时。然而，这种宣告对之前的行为并不总是具有完全的追溯力。具体来说，对于在宣告专利权无效前已经履行或强制执行的专利侵权判决、调解书、处理决定，以及已经履行的专利实施许可合同和专利权转让合同，通常不具有追溯力。但若专利权人存在恶意，并因此给他人造成损失，则应当给予赔偿。
二、许可使用合同的有效性分析
合同本身的有效性：
- 专利权宣告无效并不直接导致许可使用合同无效。许可使用合同是双方基于平等自愿原则签订的，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，合同即为有效。
合同履行的影响：
- 尽管专利权宣告无效不影响许可使用合同的有效性，但它确实会对合同的履行产生一定影响。由于专利权已不存在，被许可人可能无法继续按照合同约定使用专利技术或产品。在这种情况下，双方可以协商解除合同或变更合同条款，以适应新的法律环境。
三、特殊情况下的合同处理
恶意串通损害他人权益：
- 如果专利权人与被许可人恶意串通，通过签订许可使用合同来损害他人合法权益，那么该合同可能被认定为无效。这是基于合同法的相关规定，恶意串通损害他人利益的合同是无效的。
合同约定的特殊条款：
- 如果许可使用合同中明确约定了专利权无效时的处理方式，如解除合同、退还费用等，那么双方应严格按照合同约定执行。这些特殊条款是双方对未来可能发生的情况的预先约定，具有法律约束力。
四、实际操作中的建议
对于被许可人：
- 在得知专利权被宣告无效后，应立即停止支付尚未支付的许可费。
- 有权要求许可人返还已支付但尚未消耗的许可费（如有）。
- 与许可人协商处理与专利技术相关的技术资料、设备等归属问题。
- 如果因专利权无效遭受了其他损失（如为实施专利技术而进行的投资、研发等），有权要求许可人进行相应的赔偿。
对于许可人：
- 应积极与被许可人沟通，协商解除合同或变更合同条款。
- 如果因专利权无效给被许可人造成损失，且自身存在过错（如明知专利可能无效仍进行许可），应承担相应的赔偿责任。
- 遵守合同中的特殊条款（如有），并按照约定执行。
综上所述，许可的专利被宣告无效后，许可使用合同本身仍然有效，但合同的履行和效力可能会受到一定影响。双方应根据实际情况和合同约定，协商处理后续事宜。