结论：企业二十年前收取承包费未入账而用于返还职工工资的行为，是否违法需结合具体情况判断，但该行为存在明显的法律风险和合规性问题。以下从不同角度进行分析：
一、从财务和税务合规性角度分析
财务入账要求：
- 企业收取的任何费用，包括承包费，都应当按照财务制度的规定进行入账处理。这是企业财务管理的基本要求，也是确保企业财务透明度和合规性的重要手段。
- 如果企业未将收取的承包费入账，而是直接用于返还职工工资，这违反了财务入账的基本要求，可能导致企业财务记录不真实、不完整，进而影响企业的财务状况和经营决策。
税务合规性：
- 企业收取的费用未入账，可能涉及偷逃税款的问题。税务机关在税务检查时，如果发现企业存在未入账的收入，可能会对企业进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金和罚款等。
- 返还职工工资的行为，如果未按照税法规定进行个人所得税的代扣代缴，也可能构成税务违法行为。
二、从劳动法律关系角度分析
工资支付义务：
- 企业有义务按照劳动合同的约定和国家法律法规的规定，及时足额支付职工工资。这是企业与职工之间劳动法律关系的重要内容。
- 如果企业通过未入账的承包费来返还职工工资，虽然可能在一定程度上保障了职工的工资权益，但这种做法并不符合正常的工资支付流程，也可能引发劳动纠纷和法律风险。
劳动纠纷风险：
- 如果职工对企业未入账返还工资的行为提出异议，或者企业因其他原因与职工发生劳动纠纷，这种未入账的行为可能成为纠纷的焦点之一。
- 在劳动纠纷处理过程中，企业可能需要提供相关的财务记录和工资支付凭证等证据。如果企业无法提供这些证据，可能会承担不利的法律后果。
三、从法律责任角度分析
行政责任：
- 如果企业未入账的行为被税务机关或财务监管部门发现，企业可能面临行政处罚，包括罚款、责令改正等。
- 如果企业的行为构成偷逃税款等严重违法行为，还可能面临更严厉的行政处罚，甚至可能被吊销营业执照等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果企业的未入账行为涉及金额巨大、情节严重，且构成犯罪的，企业及其相关责任人员可能面临刑事责任的追究。
- 例如，如果企业的行为构成逃税罪、隐匿、故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告罪等，相关责任人员可能被判处刑罚。
四、建议与措施
合规性审查：
- 企业应对其财务管理和税务合规性进行全面审查，确保所有收入都按照规定进行入账处理，并依法履行纳税义务。
完善工资支付流程：
- 企业应建立完善的工资支付流程，确保职工工资的支付符合劳动合同的约定和国家法律法规的规定。如果需要通过特殊方式支付工资（如返还承包费等），应确保这种做法符合相关法律法规的要求，并留下充分的证据记录。
咨询专业律师：
- 如果企业对其财务管理和税务合规性存在疑问或担忧，建议咨询专业律师进行法律风险评估和合规性指导。
最后，虽然企业二十年前收取承包费未入账而用于返还职工工资的行为可能出于保障职工权益的考虑，但这种做法并不符合财务和税务合规性的要求，也可能引发劳动纠纷和法律风险。因此，企业应尽快采取措施进行合规性审查和整改，以确保其经营活动的合法性和合规性。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。