结论：检察院对案件的定性会综合考虑多种因素，包括贪污的数额、情节、行为人的主观故意等。在您描述的情况下，由于已经退还了十二万贪污款，这可能会作为量刑时的一个考虑因素，但具体定性仍需检察院根据完整证据和法律规定来判断。
分析说明：
贪污罪的定性依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条，国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
- 贪污罪的定性主要依据行为人的行为是否符合上述法律条款的规定，即是否利用职务便利非法占有公共财物。
退赃对定性的影响：
- 退赃行为通常被视为行为人认罪、悔罪的表现，可能会在量刑时作为从轻或减轻处罚的考虑因素。
- 然而，退赃并不改变贪污罪的定性，即一旦行为被认定为贪污，无论是否退赃，都构成贪污罪。
检察院的定性过程：
- 检察院在审查案件时，会综合考虑所有证据，包括贪污的数额、情节、行为人的主观故意、退赃情况等。
- 检察院会根据法律规定和案件事实，对行为人是否构成贪污罪以及贪污的数额、情节等作出认定。
可能的情况：
- 如果检察院认定行为人构成贪污罪，且贪污数额较大，可能会依法提起公诉，并建议法院判处相应的刑罚。
- 如果行为人退赃积极，且有其他从轻或减轻处罚的情节，检察院可能会在提起公诉时提出从轻或减轻处罚的建议。
后续行动建议：
- 配合调查：如果案件已经进入检察院审查阶段，建议行为人积极配合调查，如实陈述事实，提供相关证据。
- 咨询专业律师：由于贪污罪涉及复杂的法律问题和严重的法律后果，建议行为人及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 准备辩护材料：如果行为人认为自己不构成贪污罪或有其他从轻或减轻处罚的情节，可以准备相应的辩护材料，以便在法庭上为自己辩护。
特殊场景提醒：
- 如果行为人涉及多个贪污行为或贪污数额特别巨大，可能会面临更严重的法律后果。
- 如果行为人存在其他违法犯罪行为，如受贿、挪用公款等，可能会与其他罪名数罪并罚。
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