当被告对车损有疑问时，处理流程可以归纳为以下几个步骤，以确保公正、合理地解决纠纷：

一、明确疑问点

首先，被告需要明确自己对车损的具体疑问点，比如是对车损的程度、维修费用、责任划分等方面存在异议。明确疑问点有助于后续更有针对性地收集证据和进行沟通。

二、收集证据

1. 现场证据：如果可能的话，被告应尽快收集事故现场的照片、视频等证据，以直观展示车损情况。
2. 维修记录：如果车辆已经进行了维修，被告应保留好维修记录、维修发票等，以证明实际维修费用。
3. 鉴定报告：如果双方对车损程度存在争议，可以共同委托或申请法院指定专业的鉴定机构进行车损鉴定，并保留好鉴定报告。

三、沟通协商

1. 与原告沟通：被告可以主动与原告（即受损车辆的车主或保险公司）进行沟通，表达自己的疑问和诉求，尝试通过协商达成一致意见。
2. 参与调解：如果双方无法自行协商解决，可以寻求第三方调解机构的帮助，如法院调解、人民调解委员会等。在调解过程中，被告应充分表达自己的观点和证据，争取达成公平合理的调解协议。

四、法律途径

1. 提起反诉或答辩：如果被告认为原告的诉求不合理或存在错误，可以在诉讼过程中提起反诉或进行答辩，以维护自己的合法权益。
2. 申请重新鉴定：如果被告对鉴定报告的结果有异议，可以在规定期限内申请重新鉴定，以确保鉴定结果的公正性和准确性。
3. 参与庭审：在庭审过程中，被告应积极参与，提供证据和理由支持自己的观点，接受法院的询问和质证。

五、执行与履行

1. 遵守调解协议或判决：如果双方达成了调解协议或法院作出了判决，被告应严格遵守并履行相关义务，如支付赔偿款等。
2. 申请执行：如果原告未按照调解协议或判决履行义务，被告可以向法院申请执行，以维护自己的合法权益。

具体案例参考：

以获嘉县法院成功调解的一起机动车交通事故责任纠纷案件为例，被告在调解过程中指出了自己同样存在车损赔偿问题。承办法官耐心核对赔偿数额，根据事故实际情况、责任比例等进行了释法明理工作，并引导双方积极主动化解纠纷。最终，双方当事人就赔偿事宜达成了一致意见，并当庭交付了案款，实现了矛盾纠纷的实质性化解。

综上所述，当被告对车损有疑问时，应通过明确疑问点、收集证据、沟通协商、法律途径以及执行与履行等步骤来处理纠纷。同时，可以参考类似案例的处理方式和结果，以更好地维护自己的合法权益。