铁路企业运输合同签订、执行、收费、开票若均由一个部门负责，并不必然构成违规，但需满足一定条件且需防范潜在风险。以下从不同角度进行分析：
一、合规性角度
内部管理自主权：铁路企业作为市场主体，享有内部管理自主权，有权根据自身业务特点和运营效率，自主决定部门设置和职责划分。因此，从原则上讲，铁路企业可以将运输合同的签订、执行、收费、开票等环节交由一个部门负责，这并不违反法律法规的强制性规定。
合规性前提：然而，这种“一站式”服务模式必须建立在严格的内部控制和风险管理机制之上。铁路企业需确保该部门在履行各项职责时，能够严格遵守国家法律法规、行业规范以及企业内部规章制度，防止出现违规操作、利益输送等风险。
二、潜在风险与防范
操作风险：若一个部门同时负责多个环节，可能因人员疏忽、流程不畅等原因导致操作失误，进而引发合同纠纷、收费错误等问题。因此，铁路企业需加强该部门的业务培训和流程管理，确保各项操作规范、准确。
道德风险：单一部门负责多个关键环节，可能增加内部人员利用职权谋取私利的风险。为防范此类风险，铁路企业需建立健全的监督机制，如设立独立的审计部门、实行定期轮岗制度等，确保部门行为的合规性和透明度。
法律风险：若因部门职责划分不清或操作不当导致法律纠纷，铁路企业可能面临法律责任。因此，铁路企业需在合同中明确各方权利义务，制定完善的应急预案，以应对可能出现的法律风险。
三、实际操作建议
明确部门职责：铁路企业应在内部管理制度中明确该部门的职责范围和工作流程，确保各项职责得到有效履行。
加强内部控制：建立健全的内部控制体系，包括财务审批、业务审核、风险评估等环节，确保部门行为的合规性和风险可控性。
定期培训与考核：定期对该部门人员进行业务培训和考核，提高其业务水平和风险意识，确保各项操作规范、准确。
接受外部监督：主动接受政府监管部门、行业协会以及社会公众的监督，及时公开相关信息，增强企业透明度和公信力。
总结来看，铁路企业运输合同签订、执行、收费、开票若均由一个部门负责，并不必然构成违规，但需满足严格的内部控制和风险管理要求。铁路企业应结合自身实际情况，合理划分部门职责，加强内部控制和风险管理，确保各项业务的合规性和稳健性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。