在合同纠纷中，关于双方达成协议后执行费的承担问题，通常取决于协议的具体内容以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协议约定优先：

   • 核心原则：根据合同自由原则，双方当事人在协议中可以明确约定执行费的承担方式。如果协议中有明确条款规定执行费由哪一方承担，那么应当遵循该约定。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，依法成立的合同，受法律保护，对当事人具有法律约束力。因此，协议中的约定具有法律效力。

2. 无约定或约定不明时的处理：

   • 一般原则：如果协议中没有明确约定执行费的承担方式，或者约定不明确，那么通常需要根据相关法律法规的规定以及公平原则来确定。
   • 法律法规参考：在某些情况下，法律法规可能对执行费的承担有明确规定。例如，在诉讼或仲裁程序中，执行费可能由败诉方承担，但这并不直接适用于所有合同纠纷中的执行费承担问题。在合同纠纷中，更侧重于依据合同约定和公平原则来判断。
   • 公平原则应用：在无约定或约定不明的情况下，法院或仲裁机构可能会根据公平原则，考虑双方当事人的经济状况、过错程度等因素，来合理确定执行费的承担方式。

3. 特殊情况下的处理：

   • 因一方违约导致的执行：如果合同纠纷是由于一方当事人的违约行为导致的，那么违约方可能需要承担因违约行为而产生的额外费用，包括执行费。
   • 第三方参与的情况：在某些情况下，合同纠纷可能涉及第三方，如担保人、保证人等。此时，执行费的承担可能需要根据第三方与当事人之间的约定以及相关法律法规的规定来确定。

法律建议：

• 明确约定：为了避免合同纠纷中的执行费承担问题，建议双方当事人在签订协议时明确约定执行费的承担方式。
• 咨询专业律师：如果协议中没有明确约定或约定不明，且双方无法达成一致意见，建议咨询专业律师，以便根据具体情况和法律法规的规定来合理确定执行费的承担方式。

可能后果：

• 若未明确约定且无法达成一致：可能导致执行费承担问题成为合同纠纷的争议焦点之一，增加解决纠纷的成本和时间。
• 若一方承担不合理费用：可能引发该方的不满和进一步纠纷，甚至可能影响双方未来的合作关系。

综上所述，双方达成协议后执行费的承担问题应首先依据协议中的约定来确定。若无约定或约定不明，则应根据相关法律法规的规定以及公平原则来合理确定。在处理此类问题时，建议双方当事人保持沟通，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。