厂房回购土地的处理需根据土地性质、回购主体及合同约定等核心前提分情况讨论，具体处理方式如下：

1. 若土地为国有出让土地

   • 回购主体为政府：需依据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》及地方性回购政策处理。政府回购通常需履行法定程序，包括评估土地价值、签订回购协议、补偿土地使用权人等。若涉及土地用途变更（如从工业用地转为商业用地），还需重新办理出让手续并补缴土地出让金。
     
   • 回购主体为企业或第三方：需审查原土地出让合同是否约定回购条款。若合同明确约定回购条件（如回购价格、期限等），则按合同执行；若无约定，需双方协商并签订回购协议，明确土地权属转移、价款支付、税费承担等事项。若协商不成，可通过诉讼或仲裁解决争议。

2. 若土地为集体建设用地

   • 回购主体为集体经济组织：需符合《土地管理法》关于集体建设用地使用权流转的规定。集体经济组织回购土地通常用于公共利益或集体产业发展，需经村民会议或村民代表会议决议，并报乡镇政府批准。回购价格可参考当地集体建设用地基准地价或协商确定。
     
   • 回购主体为非集体成员：需满足集体建设用地入市条件（如符合规划、经依法批准等），并签订书面合同明确权属转移、价款支付等事项。若涉及土地征收，则需按《土地管理法》规定的征收程序进行补偿。

3. 若土地上存在抵押或查封等权利限制

   • 需先解除权利限制再办理回购手续。例如，若土地被抵押，需与抵押权人协商偿还债务或提供其他担保以解除抵押；若土地被查封，需与查封法院沟通解除查封或提供等值财产置换。
     
   • 若回购方明知土地存在权利限制仍进行交易，可能面临合同无效或无法办理权属转移的风险，需承担相应法律责任。

4. 回购后的土地用途变更

   • 若需变更土地用途（如从工业用地转为住宅用地），需按《城乡规划法》规定重新申请规划条件，并补缴土地出让金差价。
     
   • 若变更用途违反原出让合同或地方规划，可能面临行政处罚或合同违约责任。

建议：厂房回购土地涉及法律关系复杂，建议根据具体情形委托律师起草或审查回购协议，明确权责边界；办理权属转移时需向自然资源部门申请变更登记，确保手续合法有效。如有疑问，可直接向我咨询。