假冒商标罪由检察院公诉，主要是基于我国刑事诉讼法的相关规定和假冒商标罪的性质。

首先，从刑事诉讼法的角度来看：

1. 公诉案件的性质：在我国，刑事案件分为公诉案件和自诉案件。公诉案件是指由人民检察院代表国家向人民法院提起公诉的案件。假冒商标罪属于经济犯罪的一种，其侵害的不仅是商标权人的合法权益，更扰乱了市场经济秩序，具有较大的社会危害性。因此，这类犯罪通常被纳入公诉案件的范围。
2. 检察院的公诉职责：人民检察院是国家的法律监督机关，负责审查批准逮捕、提起公诉和提起公诉的审判活动等。对于假冒商标罪这类公诉案件，检察院有权也有责任代表国家向人民法院提起公诉，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

其次，从假冒商标罪的性质来看：

1. 侵害的客体：假冒商标罪侵害的客体是复杂客体，既包括商标权人的注册商标专用权，也包括国家商标管理制度和消费者的合法权益。这种犯罪行为的社会危害性较大，需要国家公权力的介入来维护市场秩序和公共利益。
2. 犯罪的严重性：假冒商标罪往往涉及大规模的制假售假行为，犯罪情节严重，涉案金额巨大。这类犯罪不仅损害了商标权人的经济利益，还严重破坏了市场经济秩序和公平竞争环境。因此，由检察院提起公诉，能够更好地体现国家对这类犯罪的打击力度和决心。

综上所述，假冒商标罪由检察院公诉是符合我国刑事诉讼法和假冒商标罪性质的。如果你对假冒商标罪或其他相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询。