摩托车在限行路段发生事故，需根据事故具体情况分情况处理，核心原则是：先确保人员安全，再处理事故责任与限行违规问题。具体处理流程及注意事项如下：

1. 立即停车并保护现场
   根据《道路交通安全法》第七十条，发生事故后应立即停车，开启危险报警闪光灯，并在车后50-100米处设置警示标志（夜间或恶劣天气需增加距离）。若事故造成人员伤亡，应立即拨打120急救电话，并拨打122报警电话，等待交警到场处理。

2. 确认事故责任划分
   交警到场后，会依据《道路交通事故处理程序规定》对事故责任进行认定。限行路段违规行驶本身不直接决定事故责任，但可能作为责任划分的参考因素。例如：

   • 若摩托车因违规进入限行路段导致事故，可能承担部分或全部责任（如未遵守交通信号、未让行等）；
     
   • 若对方存在过错（如超速、酒驾等），则需根据双方行为对事故的作用大小划分责任。
     关键点：限行违规是行政违法行为，与事故责任是两个独立法律关系，需分别处理。

3. 处理限行违规行为
   根据《道路交通安全法》第三十九条，摩托车违反限行规定属于“违反禁令标志指示”，通常会被处以罚款200元、记3分的处罚。若事故中存在其他违法行为（如无证驾驶、酒驾等），处罚可能叠加。
   注意：限行处罚与事故责任认定互不影响，即使对方全责，摩托车驾驶人仍需接受限行违规的处罚。

4. 保险理赔与赔偿协商

   • 保险理赔：若摩托车投保了交强险或商业险，可向保险公司报案，由保险公司根据责任认定结果进行赔偿。但需注意：限行违规可能影响保险理赔，部分保险公司会将“违反法律法规”列为免责条款，需仔细阅读保险合同。
     
   • 赔偿协商：若事故造成人身或财产损失，双方可协商赔偿金额；协商不成，可通过诉讼解决。

5. 特殊情况处理

   • 逃逸或伪造现场：若事故后逃逸或伪造现场，将承担全部责任，并面临更严厉的行政处罚（如拘留、吊销驾照）。
     
   • 争议处理：若对事故责任认定有异议，可在收到认定书后3日内向上一级交警部门申请复核。

总结建议：摩托车在限行路段发生事故后，应优先确保人员安全，配合交警调查，如实陈述事故经过。限行违规需接受处罚，但事故责任需根据双方行为综合认定。若涉及保险理赔或赔偿争议，建议保留相关证据（如现场照片、行车记录仪视频等），并及时咨询专业律师以维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我提问。