在民事案件中，鉴定费由被告承担的法律依据及理由主要基于案件的具体情况和法院的最终裁定，但通常遵循“谁主张、谁负担”的原则，并在特定情况下由败诉方或过错方承担。以下是对此问题的详细分析：

一、鉴定费承担的一般原则

1. 先行垫付原则：

   • 根据《诉讼费用交纳办法》第十二条，鉴定费作为诉讼过程中因鉴定等发生的费用，通常由提出鉴定申请的一方当事人先行垫付。这一原则体现了“谁主张、谁负担”的基本理念，即申请鉴定的当事人需要预先支付鉴定费用。

2. 最终承担原则：

   • 诉讼结束后，法院会根据案件审理结果及双方责任大小，决定鉴定费的最终承担者。这包括但不限于以下几种情况：
     • 败诉方承担：若鉴定结果支持了对方的主张，导致申请人败诉，则鉴定费一般由败诉方承担。这是因为败诉方是导致纠纷产生或需鉴定以查明事实的责任方。
     • 按比例分担：当双方当事人对案件均有一定责任时，法院可能判决双方按责任比例分担鉴定费，以体现公平原则。
     • 自行承担：若鉴定结果对申请人不利，且其主张未获法院支持，则申请人可能需要自行承担鉴定费，这是对其诉讼风险的合理承担。

二、特定情况下鉴定费由被告承担的理由

1. 鉴定结果对被告不利：

   • 如果鉴定结果直接支持了原告的主张，且该主张是合理的，那么法院在判决时可能会考虑让被告承担鉴定费用。这是因为被告作为败诉方，其行为或主张未能得到法院的支持，因此需要承担相应的诉讼费用。

2. 被告存在过错：

   • 在某些情况下，如果被告的行为或主张存在明显过错，导致需要进行鉴定以查明事实，那么法院可能会判决被告承担鉴定费用。例如，在合同纠纷中，如果被告否认合同的真实性或有效性，但经鉴定后合同被确认为真实有效，那么被告可能需要承担鉴定费用。

3. 双方协商一致：

   • 双方当事人亦可就鉴定费的承担进行协商，只要协议内容合法且不损害他人利益，法院通常会予以尊重。如果双方协商一致由被告承担鉴定费用，那么法院在判决时可能会考虑这一因素。

三、法律依据

• 《诉讼费用交纳办法》第十二条：

  • 诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位，人民法院不得代收代付。

• 《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十八条第二款：

  • 法院应根据双方当事人的过错程度和案件具体情况决定费用负担。司法实践中，鉴定费用的承担常结合案件胜负情况等因素综合判定。

四、建议与注意事项

• 充分了解法律法规：

  • 当事人在面临鉴定费承担问题时，应充分了解相关法律法规及当地司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。

• 积极与对方当事人、法院及律师沟通协商：

  • 在诉讼过程中，当事人应积极与对方当事人、法院及律师沟通协商，以期达成最合理的解决方案。

• 评估鉴定费用的风险与收益：

  • 在诉讼前，当事人应充分评估鉴定费用的风险与收益，以做出更加明智的决策。例如，如果鉴定费用高昂且胜诉的可能性不大，那么当事人可能需要考虑是否值得进行鉴定。

综上所述，民事案件中鉴定费由被告承担的法律依据及理由主要基于案件的具体情况和法院的最终裁定。当事人在面临此类问题时，应充分了解相关法律法规及当地司法实践，并积极与对方当事人、法院及律师沟通协商，以期达成最合理的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。