面对水质保障工程施工过程中工程款被拖欠的问题，您可以按照以下步骤来维护自身权益：
一、尝试协商解决
直接沟通：
- 首先，您应主动与发包方进行直接沟通，了解拖欠工程款的具体原因。在沟通过程中，您可以尝试与发包方制定一个合理的还款计划，比如分期还款，并明确每次还款的金额和时间节点，以便双方都能有一个明确的预期。
第三方调解：
- 如果直接沟通没有取得理想的效果，您可以考虑邀请双方都信任的第三方，如行业协会、政府相关部门或专业调解机构，来进行调解。第三方的专业知识和中立立场有助于更公正地协调双方利益，促成一个双方都能接受的解决方案。
二、全面收集证据
在协商的同时，您应开始全面收集与工程款支付相关的证据，以备不时之需。这些证据包括但不限于：
合同文件：
- 仔细审查工程承包合同、补充协议等文件，特别是关于工程款支付的条款，如支付方式、时间和金额计算方法等。这些文件是证明您权益的重要依据。
施工资料：
- 保存施工日志、工程进度报告、工程变更通知等施工资料，这些资料可以证明您按合同履行了义务，以及工程的实际进展情况。
往来函件：
- 保留双方关于工程款支付的往来邮件、聊天记录、催款函等，这些函件可以记录您与发包方的沟通情况和您主张权利的过程。
三、采取法律途径
如果协商和调解都没有结果，那么您可能需要采取法律途径来维护自身权益。以下是一些可能的法律手段：
发送催款律师函：
- 您可以委托律师向发包方发送律师函，明确指出其违约行为和法律责任，要求其在规定期限内支付欠款。律师函通常具有一定的威慑力，有时能够促使发包方重视并解决问题。
申请支付令：
- 如果债权债务关系明确且合法，您可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令。法院经审查后，会在规定时间内向发包方发出支付令，要求其清偿债务或提出异议。
提起诉讼：
- 如果协商、调解和支付令都没有效果，您可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您的主张，法院将依法判决并要求发包方支付欠款及可能产生的利息、违约金等费用。
行政投诉与处罚：
- 您还可以向相关行政机关（如水利部门或建设主管部门）投诉发包方的拖欠行为。行政机关可能会介入调解或对发包方给予行政处罚，这为您提供了额外的支持。
四、其他注意事项
行使优先受偿权：
- 根据法律规定，您对水质保障工程的折价或拍卖价款享有优先受偿权。在发包方无法支付欠款时，您可以与发包方协商折价抵偿或申请法院拍卖工程，以优先实现您的债权。
关注发包方经营状况：
- 在追讨工程款的过程中，您应密切关注发包方的经营和财产状况。如果发现发包方有转移财产、逃避债务等行为，您应及时采取措施（如申请财产保全）来防止财产流失。
综上所述，面对水质保障工程施工过程中工程款被拖欠的问题，您应综合运用协商、证据收集和法律手段来维护自身权益。同时，保持对发包方经营状况的关注，并在必要时行使优先受偿权，以确保您的债权得到有效实现。