工程造价司法鉴定的收费通常是按鉴定金额（如工程总造价或争议金额的一定比例）来收取的，而非直接按起诉金额。不过，具体收费方式还需根据鉴定项目、地区以及鉴定机构的不同而有所差异。以下是对此问题的详细分析：
一、常见收费方式
按标的额比例收费：
- 这种方式在工程造价司法鉴定中较为普遍。鉴定机构会根据涉案工程的合同金额或争议金额的一定比例来收取鉴定费用。例如，有观点认为工程造价鉴定可能按照工程总造价的0.1%~1%左右收取（具体比例需根据实际情况和双方协商确定）。
- 对于涉及财产案件的司法鉴定收费，如因工程质量、工期延误等造成的经济损失评估，通常也会根据诉讼标的和鉴定标的两者中的较小值，按照一定比例分段累计收取。
计时收费：
- 部分鉴定机构会根据鉴定人员实际投入的工作时间（如小时数）来计算费用。这种方式适用于一些复杂、耗时较长的鉴定项目。
- 计时收费的标准通常由鉴定机构自行制定，并会考虑鉴定人员的专业水平、经验等因素。
固定费用：
- 对于一些简单、常规的鉴定项目，鉴定机构可能会直接给出固定的收费金额。
- 固定费用的具体数额需根据鉴定项目的性质、难度等因素来确定。
二、影响收费的因素
- 鉴定项目的复杂性：复杂的鉴定项目需要更多的专业知识和技术投入，因此收费相对较高。
- 鉴定机构的资质和信誉：具有更高资质和良好信誉的鉴定机构通常会收取更高的费用。
- 地区差异：不同地区的经济发展水平、市场竞争状况等因素也会影响鉴定收费。
三、具体案例与说明
以某地区为例，建筑工程造价鉴定的收费标准可能如下（具体数值需根据当地实际情况和鉴定机构协商确定）：
- 工程造价鉴定：按照工程总造价的Y%收取，Y值通常在0.1%~1%之间。
四、法律建议
- 在选择鉴定机构时：建议委托人综合考虑鉴定机构的资质、信誉、收费标准以及鉴定项目的复杂性等因素，选择最适合自己的鉴定机构。
- 在签订委托合同时：应明确鉴定费用的计算方式、支付方式以及支付时间等条款，以避免后续产生纠纷。
- 如遇收费争议：委托人可以与鉴定机构进行协商，寻求解决方案。如协商无果，可以向相关行业协会或监管部门投诉，或通过法律途径解决争议。
如果您在工程造价司法鉴定收费方面遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。