司机挂靠公司是否合法，不能一概而论，需分情况讨论：
挂靠行为本身的合法性
- 挂靠行为，即个人或合伙出资购买机动车，经具有运输经营资质的运输企业（被挂靠公司）同意，将车辆登记在该企业名下，并以该企业的名义从事运输经营，这种行为本身并不直接违反法律法规的强制性规定。然而，它可能涉及一些行政管理和行业规范的问题，如挂靠公司是否具备相应的资质、挂靠协议是否合法合规等。因此，在挂靠时，双方应确保挂靠协议的合法性，并遵守相关行业规范。
司机与挂靠公司之间的劳动关系
- 通常不构成劳动关系：在大多数情况下，挂靠人与挂靠公司之间并不构成劳动关系。挂靠人拥有车辆的实际所有权和经营权，自主经营、自负盈亏，不受挂靠公司的直接管理。司机作为挂靠人聘用的员工，其与挂靠公司之间通常也没有直接的劳动关系。
- 可能构成事实劳动关系：然而，在特定情况下，如司机实际接受挂靠公司的管理并从事其安排的工作，且获取相对稳定的劳动报酬时，双方可能形成事实劳动关系。这通常发生在挂靠公司不仅提供运输资质，还对司机的日常工作进行管理和指挥，如统一调度车辆、安排具体运输任务等。在这种情况下，如果司机与挂靠公司之间没有签订书面劳动合同，但存在事实上的劳动关系，司机仍然可以依法维护自己的权益。
法律后果与建议
- 对于挂靠公司：应确保挂靠协议的合法性，明确双方的权利和义务，避免因为挂靠行为而引发不必要的法律纠纷。同时，如果挂靠公司对司机进行实质性的劳动管理，应依法与司机签订书面劳动合同，并履行相应的法律义务。
- 对于司机：在挂靠经营模式下，应了解自己的法律地位和权益。如果与挂靠公司之间存在事实劳动关系，可以依法要求挂靠公司签订书面劳动合同、支付劳动报酬、缴纳社会保险等。如果权益受到侵害，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
总结来说，司机挂靠公司是否合法，取决于挂靠行为的合法性以及司机与挂靠公司之间是否存在事实劳动关系。在挂靠经营模式下，双方应明确各自的权利和义务，遵守相关法律法规和行业规范，以避免不必要的法律纠纷。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。