结论：商家在下单后取消订单并扣除成本60%作为运费的行为是否合法，需根据具体情况判断，包括合同条款的约定、商家的行为是否构成违约以及是否侵犯消费者权益等。以下从不同角度进行分析：

一、合同条款的约定

1. 若合同中有明确约定：如果租赁合同或相关交易条款中明确规定了在下单后取消订单需扣除成本60%作为运费，且该条款不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平、欺诈等情形，那么商家按照合同约定扣除费用可能是合法的。但商家需确保在消费者下单前已充分告知该条款，且消费者在知情的情况下同意该条款。

2. 若合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定取消订单需扣除成本60%作为运费，那么商家的行为可能缺乏合同依据。在此情况下，商家单方面扣除费用可能构成违约，消费者有权要求商家退还扣除的费用。

二、商家的行为是否构成违约

1. 若商家违约：如果商家在消费者下单后无正当理由拒绝履行合同，或者擅自变更合同内容（如扣除高额运费），且未与消费者协商一致，那么商家的行为构成违约。根据《民法典》的相关规定，违约方需承担违约责任，包括赔偿守约方因此遭受的损失。

2. 若商家不违约：如果商家因不可抗力、消费者原因等合理原因无法履行合同，且已及时通知消费者并说明情况，那么商家可能不构成违约。但在此情况下，商家扣除费用仍需有合同依据或法律依据，否则仍可能面临法律风险。

三、是否侵犯消费者权益

1. 若侵犯消费者权益：商家的行为如果违反了《消费者权益保护法》的相关规定，如未履行告知义务、擅自变更合同内容、扣除不合理费用等，那么可能构成侵犯消费者权益。消费者有权向相关部门投诉或提起诉讼，要求商家承担相应的法律责任。

2. 若未侵犯消费者权益：如果商家的行为符合法律法规和合同约定，且未侵犯消费者的合法权益，那么商家的行为可能是合法的。但商家仍需注意保持诚信经营，避免引起不必要的纠纷。

四、建议与措施

1. 对于消费者：在签订租赁合同或进行交易前，务必仔细阅读合同条款，特别是关于取消订单、退款、运费等方面的约定。如发现商家存在不合理条款或违法行为，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。

2. 对于商家：应确保合同条款的合法性和合理性，避免设置不公平、不合理的条款。在消费者下单前，应充分告知相关条款和注意事项，确保消费者在知情的情况下做出选择。如发生纠纷，应积极与消费者协商解决，避免扩大矛盾。

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