结论：交通和解协议书里未明确写明赔偿金是代付医疗费的情况下，该赔偿金是否算入医疗费，需根据协议具体内容、双方意图及实际履行情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容明确性角度
若协议中有隐含或可推断的条款：
- 尽管协议未直接写明“赔偿金是代付医疗费”，但如果协议中其他条款或整体语境能够合理推断出赔偿金的这一用途（例如，协议提及了事故导致的医疗费用，并约定了赔偿金额与医疗费用相近或相等），则可能视为赔偿金包含了医疗费。
- 法律建议：在此情况下，建议仔细审查协议全文，特别是与医疗费用相关的条款，以确定赔偿金是否确实涵盖了医疗费。
若协议内容模糊或无相关条款：
- 如果协议中既未明确写明赔偿金是代付医疗费，也无法从其他条款中合理推断出这一用途，则赔偿金与医疗费可能是两个独立的赔偿项目。
- 法律建议：此时，应视为赔偿金与医疗费分开计算，除非双方能就赔偿金的用途达成新的补充协议。
二、双方意图角度
若双方有明确口头或书面约定：
- 即使协议中未写明，但如果双方在协商过程中有明确的口头或书面约定，表明赔偿金是代付医疗费，这一约定同样具有法律效力。
- 法律建议：在此情况下，应收集并保存好相关证据（如录音、聊天记录、书面补充协议等），以证明双方的真实意图。
若双方意图不明或存在争议：
- 如果双方对赔偿金的用途存在争议，且无法提供充分证据证明各自的主张，则可能需要通过法律途径解决争议。
- 法律建议：在此情况下，建议咨询专业律师，通过法律程序（如诉讼、调解等）来明确赔偿金的用途和金额。
三、实际履行情况角度
若赔偿金已实际用于支付医疗费：
- 如果赔偿金已经实际被用于支付医疗费用，且这一行为得到了双方的认可或默许，那么可以视为赔偿金已经包含了医疗费。
- 法律建议：在此情况下，应保留好相关支付凭证（如医疗费发票、转账记录等），以证明赔偿金的实际用途。
若赔偿金未用于支付医疗费或用途不明：
- 如果赔偿金未被用于支付医疗费用，或者其用途无法确定，则不能简单地认为赔偿金就是代付医疗费。
- 法律建议：在此情况下，应根据协议内容和双方意图来综合判断赔偿金的用途和金额，并考虑是否需要采取法律措施来维护自身权益。
总结与进一步建议：交通和解协议书里未明确写明赔偿金是代付医疗费的情况下，该赔偿金是否算入医疗费需根据协议具体内容、双方意图及实际履行情况综合判断。如果对此存在争议或不确定，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。同时，在签订和解协议时，应尽量明确各项赔偿项目的用途和金额，以避免后续争议的发生。