行政机关因违反法定程序被法院判决重新作出行政处罚的，应当严格遵循法定程序重新作出处罚决定，确保程序合法性，并避免出现与原处罚决定相同或类似的事实认定和法律适用错误。具体操作要点如下：

1. 全面审查原处罚决定的程序瑕疵
   行政机关需首先分析法院判决中指出的程序违法点（如未告知陈述申辩权、未依法举行听证、超期作出处罚等），并在重新作出处罚前彻底纠正。例如，若原处罚因未保障当事人听证权利被撤销，重新处罚前必须依法组织听证，并制作听证笔录作为处罚依据。

2. 重新启动调查程序（如需）
   若原处罚因证据不足或程序中断导致事实认定不清，行政机关应重新调查取证，补充完善证据链。调查过程中需严格遵守《行政处罚法》规定的程序，包括：

   • 依法出示执法证件，表明身份；
     
   • 告知当事人权利义务（如申请回避、陈述申辩、提供证据等）；
     
   • 制作调查笔录并由当事人签字确认；
     
   • 涉及专业问题的，需委托专业机构鉴定或评估。

3. 重新作出处罚决定的合法性审查
   行政机关在拟重新处罚前，需对以下内容进行内部合法性审查：

   • 事实认定：确保事实清楚、证据充分，避免出现“同一事实重复评价”或“新事实未查实”的情况；
     
   • 法律适用：选择正确的法律条文，并确保处罚种类、幅度符合法定范围；
     
   • 程序合规：检查是否履行了告知、听证、集体讨论等必经程序；
     
   • 权利保障：确认当事人已充分行使陈述申辩权，且行政机关已对申辩意见进行复核。

4. 避免“以同一事实和理由作出相同处罚”
   根据《行政诉讼法》第七十一条，行政机关不得以同一事实和理由作出与原处罚基本相同的行政行为。但若行政机关能证明原处罚存在程序瑕疵而事实认定和法律适用正确，且重新处罚时已纠正程序问题，则可作出相同种类的处罚（如原罚款5万元，重新处罚仍罚款5万元）。若需变更处罚种类或幅度，需提供新证据或理由。

5. 送达与执行
   重新作出的处罚决定书需依法送达当事人，并告知救济途径（如复议或诉讼期限）。若当事人逾期不履行，行政机关可依法申请法院强制执行。

示例：某市场监管局因未告知当事人听证权利被法院撤销原罚款决定后，重新处罚时应：

1. 书面通知当事人听证权利；
   
2. 根据当事人申请组织听证；
   
3. 根据听证结果调整处罚幅度（如原罚款10万元，听证后认定为情节轻微，调整为罚款5万元）；
   
4. 制作新的处罚决定书并送达。

提示：行政机关在重新处罚过程中需严格遵循“程序正当”原则，避免因程序违法再次被撤销。如有复杂情况，可直接向我咨询行政处罚程序合规问题。