犯罪嫌疑人牵扯两案的，司法机关会分别立案侦查、审查起诉和审判，根据案件具体情况依法处理。具体分析如下：

1. 侦查阶段：

   • 公安机关或其他侦查机关在发现犯罪嫌疑人牵扯两案时，会分别对两案进行立案侦查。这意味着侦查机关会针对每个案件收集证据、查明事实，并采取必要的强制措施，如拘留、逮捕等。
   • 如果两案之间存在关联，侦查机关可能会合并侦查，以提高效率，但这并不改变两案的独立性。在合并侦查过程中，侦查机关仍需分别对每个案件的证据进行收集和固定。

2. 审查起诉阶段：

   • 侦查终结后，侦查机关会将两案分别移送人民检察院审查起诉。人民检察院会对每个案件的证据进行审查，判断是否符合起诉条件。
   • 如果人民检察院认为两案均符合起诉条件，且两案之间存在关联，可能会决定将两案合并起诉。但合并起诉并非必然，人民检察院会根据案件具体情况和法律规定进行判断。
   • 如果人民检察院认为两案不符合起诉条件，或者虽然符合起诉条件但两案之间无关联，则会分别对两案作出不起诉决定或提起公诉。

3. 审判阶段：

   • 如果人民检察院对两案均提起公诉，且法院认为两案可以合并审理，那么法院会合并审理两案。合并审理有助于提高审判效率，减少当事人的诉累。
   • 如果法院认为两案不宜合并审理，或者人民检察院只对其中一案提起公诉，那么法院会分别对两案进行审理。在审理过程中，法院会依法对每个案件的证据进行质证和认证，并作出判决。

4. 特殊情况处理：

   • 如果犯罪嫌疑人在两案中均构成犯罪，且两罪之间存在牵连关系（如一个犯罪行为是另一个犯罪行为的手段或结果），那么根据刑法规定，可能会按照数罪并罚的原则进行处理。
   • 如果犯罪嫌疑人在两案中均构成犯罪，但两罪之间无牵连关系，那么司法机关会分别对两罪进行定罪量刑，并执行相应的刑罚。

建议：对于牵扯两案的犯罪嫌疑人及其家属来说，应积极配合司法机关的调查和审判工作，如实陈述事实、提供证据。如有任何疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询。