补充协议中约定由分公司收款，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律背景与依据

1. 分公司法律地位：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，但其可以在总公司的授权范围内从事经营活动。
   • 分公司虽然不具备独立法人资格，但通常会有自己的营业执照，能够以自己的名义从事民事活动，包括签订合同和收款。

2. 合同相对性原则：

   • 合同具有相对性，即合同的权利义务原则上仅约束合同当事人。在补充协议中，如果总公司与合同相对方约定由分公司收款，这并不违反合同相对性原则，因为这是总公司对其权利义务的一种安排。

3. 授权与代理：

   • 总公司可以授权分公司代为收款，这种授权可以是明示的，也可以是默示的（如通过行为表明）。在授权范围内，分公司的收款行为视为总公司的行为，具有法律效力。

二、合法性条件

1. 总公司授权：

   • 分公司收款必须得到总公司的明确授权。这种授权可以是书面的，也可以是口头的，但为了证明授权的存在和范围，书面授权更为稳妥。
   • 授权内容应明确包括收款事项，以及收款的具体范围和限额（如有）。

2. 不违反法律法规强制性规定：

   • 补充协议中约定由分公司收款，不得违反法律法规的强制性规定。例如，不得违反税收管理、外汇管理等方面的规定。

3. 不损害第三方利益：

   • 补充协议的约定不得损害合同相对方或其他第三方的合法权益。如果约定由分公司收款导致合同相对方支付困难或增加支付成本，可能构成违约或侵权。

三、可能的风险与防范

1. 分公司收款能力风险：

   • 分公司可能因经营不善或资金链断裂等原因无法及时将收款转交给总公司，导致总公司资金受损。为防范此风险，总公司应加强对分公司的财务管理和监督。

2. 税务风险：

   • 分公司收款可能涉及税务问题，如增值税、企业所得税等。总公司应确保分公司按照税法规定申报和缴纳税款，避免税务风险。

3. 合同相对方异议风险：

   • 如果合同相对方对分公司收款提出异议，总公司应及时与相对方沟通协商，解释授权情况和收款安排，以维护合同关系的稳定。

四、建议

1. 明确授权：

   • 总公司在与合同相对方签订补充协议时，应明确授权分公司收款，并详细说明授权范围和限额（如有）。

2. 完善合同条款：

   • 补充协议中应明确约定分公司收款的账户信息、收款时间、收款方式等具体事项，以避免纠纷。

3. 加强风险管理：

   • 总公司应加强对分公司的财务管理和监督，确保分公司按照约定将收款及时转交给总公司，并妥善处理税务等问题。

如果您在补充协议中约定由分公司收款方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。