在危害国家安全类犯罪的认定中，我国刑法理论和实践主要采用的是四要件犯罪构成体系，而非两阶层犯罪构成体系。以下是对这一问题的详细分析：
一、四要件犯罪构成体系
四要件犯罪构成体系是我国传统的犯罪构成理论，它认为犯罪的成立需要同时满足四个方面的要件：
犯罪客体：指犯罪行为所侵害的社会关系或社会利益。在危害国家安全类犯罪中，犯罪客体通常是国家安全，包括国家的政治安全、军事安全、经济安全等。
犯罪客观方面：指犯罪行为的具体表现，包括行为的方式、手段、结果等。在危害国家安全类犯罪中，这通常表现为实施了危害国家安全的行为，如叛国、分裂国家、煽动颠覆国家政权等。
犯罪主体：指实施犯罪行为的人或单位。在危害国家安全类犯罪中，犯罪主体通常是具有刑事责任能力的自然人，但在某些特定情况下，单位也可能成为犯罪主体（不过，在危害国家安全类犯罪中，单位犯罪的情况相对较少，且具体需根据法律条文判断）。
犯罪主观方面：指犯罪主体对犯罪行为及其结果的心理态度，包括故意和过失。在危害国家安全类犯罪中，犯罪主体通常具有故意，即明知自己的行为会危害国家安全，却希望或放任这种结果的发生。
二、两阶层犯罪构成体系
两阶层犯罪构成体系，也称为递进式犯罪构成体系，主要在一些大陆法系国家采用。它认为犯罪的成立需要满足两个递进的层次：
构成要件符合性：即行为是否符合刑法规定的犯罪构成要件。
违法性阻却事由与有责性：在构成要件符合性的基础上，进一步考察是否存在违法性阻却事由（如正当防卫、紧急避险等）以及行为人是否具有有责性（即是否具备刑事责任能力，且主观上存在故意或过失）。
三、我国刑法对危害国家安全类犯罪的认定
在我国刑法中，危害国家安全类犯罪的认定主要依据的是四要件犯罪构成体系。刑法分则第一章“危害国家安全罪”中明确规定了各类危害国家安全犯罪的构成要件，包括犯罪客体、犯罪客观方面、犯罪主体和犯罪主观方面。这些要件共同构成了认定危害国家安全类犯罪的完整标准。
四、为何不采用两阶层犯罪构成体系
虽然两阶层犯罪构成体系在一些大陆法系国家具有广泛的影响力，但我国刑法理论和实践在长期的发展过程中，已经形成了具有自身特色的四要件犯罪构成体系。这一体系在我国刑法中得到了广泛的应用和认可，为司法实践提供了清晰、明确的指导。因此，在危害国家安全类犯罪的认定中，我国刑法并未采用两阶层犯罪构成体系。
总结来说，危害国家安全类犯罪的认定在我国主要采用的是四要件犯罪构成体系。这一体系为司法实践提供了全面、系统的指导，有助于准确、公正地认定犯罪并适用刑罚。如果您在危害国家安全类犯罪方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。