结论概述：根据新闻背景及法律规定，列车长在普通乘客被分配到残疾人专座且感到不便时，有义务协助乘客协调调换座位。以下结合新闻背景及法律分析展开说明：

一、残疾人专座的分配规则与普通乘客的购票逻辑

根据12306客服回应及《铁路旅客运输规程》相关规定，残疾人专用席位属于特殊票额，其分配规则如下：

1. 优先保障期：自预售起至发车前24小时，专用席位仅供符合条件的残疾人旅客购买（需提前录入信息并选择优惠类型，系统在线核验）；
2. 公开发售条件：若临近发车时专用席位仍有剩余，且列车其他座位已售罄，系统将解除限售，向普通旅客公开发售；
3. 分配机制：专用座位由系统自动分配，普通旅客可能因票源紧张被分配至此类座位。

新闻背景对应分析：本案中，乘客购买“最后一张二等座”后发现为残疾人专座，说明系统已因其他座位售罄而解除限售，将专用席位向普通旅客开放。此时，乘客与铁路部门形成运输合同关系，铁路部门有义务按票面信息提供座位，但乘客因座位特殊性产生不便时，双方需进一步协商解决。

二、列车长的协调义务：法律与合同视角

1. 《铁路旅客运输规程》的明确要求
   根据《铁路旅客运输规程》第十条，铁路运输企业应当保证旅客按车票载明的座位乘车，并应当为旅客提供良好的旅行环境和服务。当普通旅客因被分配至残疾人专座而感到不便时，列车长作为铁路运输企业的现场代表，有义务根据实际情况协调调换座位，以保障旅客的合理需求。

2. 合同附随义务的延伸
   铁路部门与乘客之间形成运输合同关系，除主给付义务（安全运输、按票面信息提供座位）外，双方均负有附随义务。对于乘客而言，需遵守乘车秩序；对于铁路部门而言，需提供必要的协助与便利。当专用座位影响乘客正常使用时，列车长协调调换座位属于履行附随义务的范畴。

3. 无障碍环境建设的法律要求
   根据《残疾人保障法》第五十五条，公共服务机构和公共场所应当为残疾人提供无障碍设施和服务。虽然本案中专用席位被普通旅客占用，但列车长仍需在能力范围内协调资源（如与其他旅客协商、寻找空余座位），以兼顾普通旅客需求与无障碍环境建设要求。

三、乘客的权利与救济途径

1. 协商调换权
   乘客发现座位为残疾人专座后，可第一时间联系列车长说明情况，要求协调调换。列车长应优先在车厢内寻找空余座位，或与其他旅客协商换座；若无法调换，需向乘客解释原因并提供其他补偿方案（如提供小凳子、升级座位等）。

2. 投诉与维权途径
   若列车长拒绝协调或处理不当，乘客可向铁路部门客服（如12306）投诉，要求铁路部门履行合同义务。根据《消费者权益保护法》，乘客作为消费者，有权要求铁路部门提供与票价相符的服务，若因座位问题导致旅行体验严重受损，可主张赔偿。

四、对铁路部门的建议：优化规则与提升服务

1. 购票环节提示
   在系统解除限售、向普通旅客开放残疾人专座时，可在购票页面增加显著提示（如“该座位为残疾人专座，如需调换请联系工作人员”），减少信息不对称导致的纠纷。

2. 现场协调机制完善
   列车长应提前掌握车厢内座位使用情况，对可能被分配至专用座位的普通旅客主动沟通，提前协调换座，避免乘客上车后产生不便。

3. 无障碍资源动态管理
   铁路部门可探索建立残疾人旅客乘车预约制度，通过大数据分析预测专用席位需求，动态调整限售规则，减少专用席位被普通旅客占用的情况。

总结：本案中，列车长在普通乘客被分配到残疾人专座且感到不便时，有义务协助协调调换座位，这既是法律规定的附随义务，也是提升服务质量、保障乘客权益的必然要求。若遇类似情况，乘客可主动与列车长沟通，并通过合法途径维护自身权益。