若行政复议超期未补正，但实际已经补正了，可分以下几种情况处理：

1. 复议机关尚未作出不予受理决定：

   • 及时沟通：在此情况下，应尽快与复议机关取得联系，说明已经补正的情况，并提供相应的补正材料作为证明。复议机关在核实情况后，若认为补正材料符合要求，通常会继续受理复议申请。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，复议机关在收到复议申请后，若认为材料不齐全或表述不清楚的，应当自收到申请之日起五日内书面通知申请人补正。补正通知应当一次性告知全部需要补正的内容。申请人无正当理由逾期不补正的，视为放弃复议申请。但在此案例中，申请人已经实际补正，只是可能因沟通不畅或流程延误导致复议机关尚未得知，因此及时沟通是关键。

2. 复议机关已作出不予受理决定：

   • 申请复议机关重新审查：若复议机关已经基于超期未补正的理由作出了不予受理决定，申请人可以在收到决定书之日起十五日内依法向人民法院提起行政诉讼，请求法院撤销复议机关的不予受理决定，并责令复议机关重新审查。同时，也可以尝试与复议机关再次沟通，提供补正材料，看是否能说服复议机关重新考虑。
   • 法律救济途径：根据《中华人民共和国行政复议法》及《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，申请人对复议机关的不予受理决定不服的，有权寻求法律救济。这包括向人民法院提起行政诉讼，或者根据复议机关的指引，向上级复议机关申请复议（如果适用的话）。

3. 预防措施与建议：

   • 保留证据：在补正材料时，务必保留好所有相关的证据，如补正材料的复印件、邮寄凭证、电子邮件发送记录等，以证明自己已经按时补正。
   • 及时跟进：在提交补正材料后，应及时与复议机关联系，确认其是否已经收到并审核了补正材料，避免因流程延误而导致的不必要的麻烦。
   • 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，咨询专业律师的意见是非常重要的。律师可以提供专业的法律建议，帮助申请人更好地维护自己的合法权益。

总结来说，若行政复议超期未补正但实际已经补正，申请人应根据复议机关的具体情况，及时沟通、提供证明材料，并考虑申请复议机关重新审查或寻求法律救济。同时，保留好相关证据，及时跟进复议进展，并在必要时咨询专业律师的意见。