结论：在房屋已抵顶在前且已实际交付占有，而查封在后的情况下，该房屋能否拍卖需视具体情况而定，主要取决于抵顶行为的法律效力、是否办理了过户登记手续以及查封的合法性等因素。
一、抵顶行为的法律效力
有效抵顶：如果抵顶行为（即以物抵债）是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该抵顶行为是有效的。在这种情况下，如果房屋已经实际交付给抵债方，并且双方已经办理了过户登记手续，那么抵债方就取得了房屋的所有权。此时，即使房屋后来被查封，由于抵债方已经取得了房屋的所有权，查封机关通常不能对已经属于抵债方的房屋进行拍卖。
无效抵顶：如果抵顶行为存在瑕疵，如双方意思表示不真实、违反法律强制性规定等，那么该抵顶行为可能是无效的。在这种情况下，即使房屋已经实际交付给抵债方，但由于抵债方并未取得房屋的所有权，房屋仍然属于原所有权人。此时，如果房屋被查封，查封机关有权对房屋进行拍卖。
二、过户登记手续的影响
已办理过户登记：如果抵债双方已经办理了房屋的过户登记手续，那么抵债方就取得了房屋的所有权。此时，房屋属于抵债方的财产，查封机关通常不能对已经属于抵债方的房屋进行拍卖，除非查封是基于抵债方自身的债务纠纷。
未办理过户登记：如果抵债双方未办理房屋的过户登记手续，那么房屋的所有权仍然属于原所有权人。此时，即使房屋已经实际交付给抵债方，但由于未办理过户登记，抵债方并未取得房屋的所有权。因此，如果房屋被查封，查封机关有权对房屋进行拍卖。
三、查封的合法性
合法查封：如果查封是基于合法的法律程序和依据进行的，如基于有效的执行裁定书、协助执行通知书等，那么查封是合法的。在这种情况下，如果房屋属于被执行人的财产，查封机关有权对房屋进行拍卖。
非法查封：如果查封存在瑕疵或违法情形，如查封程序违法、查封依据不足等，那么查封可能是非法的。在这种情况下，被查封人可以向查封机关提出异议，要求解除查封。如果查封被解除，那么房屋自然就不能被拍卖。
四、特殊情况下的处理
在特殊情况下，如抵债方已经实际占有并使用房屋多年，且双方对抵顶行为无争议，但因各种原因未办理过户登记手续的，此时如果房屋被查封并面临拍卖，抵债方可以提出执行异议之诉，要求确认房屋的所有权并停止拍卖。法院在审理此类案件时，会综合考虑抵债行为的真实性、合法性以及双方当事人的实际情况等因素来作出判决。
建议：如果您面临类似情况，建议您及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权途径。同时，您也可以积极与查封机关沟通，提供相关证据材料，以维护自己的合法权益。