若合同有问题且双方同意修改，已支付金额的处理方式需根据修改内容及双方协商结果确定，核心原则是确保修改后的合同条款与已支付金额的对应关系清晰、合法。具体处理方式如下：

1. 修改内容不涉及已支付金额对应条款
   若合同修改仅针对未履行部分（如交付时间、质量标准、违约责任等），而已支付金额对应的是已履行或明确约定的部分（如定金、预付款、首期款等），则已支付金额无需调整。双方应在修改后的合同中明确：

   • 已支付金额的性质（如定金、预付款）及对应义务（如已完成的阶段性工作）；
     
   • 修改后的条款仅适用于未履行部分，不影响已支付金额的效力。
     示例：若合同原约定“甲方支付50%预付款后，乙方开始生产”，修改后仅调整了交货时间，则已支付的50%预付款仍按原约定处理，无需退还或补缴。

2. 修改内容涉及已支付金额对应条款
   若合同修改直接涉及已支付金额的对应义务（如价款调整、服务范围变更等），则需双方协商一致后，通过补充协议或修改条款明确处理方式，常见情形包括：

   • 价款调整：若修改导致合同总价变化（如增加/减少服务内容），已支付金额需按比例调整。例如：原合同总价10万元，已支付5万元，修改后总价变为8万元，则已支付金额应调整为4万元（即按新总价比例计算），多支付的1万元应退还或抵扣后续款项。
     
   • 服务范围变更：若修改导致已支付金额对应的服务内容减少（如删除部分项目），已支付金额中对应减少部分应退还或抵扣其他费用。例如：原合同约定“甲方支付10万元，乙方提供A、B两项服务”，修改后仅保留A服务，则乙方应退还B服务对应的价款（需根据原合同约定或市场价协商确定）。
     
   • 已履行部分的质量问题：若修改是因乙方已履行部分不符合约定（如产品质量不合格），且双方同意通过修改合同补救（如更换货物、返工等），则已支付金额的处理需结合补救成本协商。例如：甲方已支付全款，但货物存在质量问题，双方同意乙方免费更换，则已支付金额无需调整；若需甲方补缴差价（如更换更高配置货物），则需签订补充协议明确。

3. 操作建议

   • 书面确认：无论修改是否涉及已支付金额，双方均应签订书面补充协议或修改条款，明确修改内容、已支付金额的处理方式及生效时间，避免口头约定引发纠纷。
     
   • 财务记录：修改合同后，双方应及时更新财务记录（如发票、收据、付款凭证等），确保账目清晰，避免因记录不一致产生争议。
     
   • 法律审查：若修改内容复杂或涉及重大利益（如价款大幅调整、服务范围重大变更），建议双方委托律师审查修改后的合同条款，确保合法合规。

总结：合同修改时已支付金额的处理需以双方协商一致为前提，核心是明确修改内容与已支付金额的对应关系。若修改不涉及已支付部分，则金额不变；若涉及，则需按比例调整或退还，并通过书面协议固定结果。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。