妻子让丈夫去做公证协议，只要协议内容合法、双方意思表示真实且公证程序合法，该公证协议通常是有效的。以下从多个角度详细分析：

1. 公证协议的效力基础
   根据《中华人民共和国公证法》第三十六条，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。这意味着公证本身是对协议真实性、合法性的官方证明，能显著增强协议的证据效力。若协议内容本身不违反法律强制性规定（如不涉及欺诈、胁迫、恶意串通损害他人利益等情形），公证后的协议在法律上具有更高的可信度和执行力。

2. 协议内容合法性的核心要求
   公证协议的有效性最终取决于内容是否合法。例如：

   • 若协议涉及夫妻财产约定（如婚前/婚内财产归属），需符合《民法典》第一千零六十五条的规定，即双方自愿、书面形式，且不得规避夫妻共同财产制或损害债权人利益；
     
   • 若协议涉及赠与、债务承担等，需符合《民法典》中关于赠与、债务转移的相应条款（如赠与需办理登记或交付，债务转移需债权人同意）；
     
   • 若协议内容涉及限制婚姻自由（如“不得离婚”）、违反公序良俗（如“出轨需赔偿天价违约金”），则可能被认定无效。
     关键点：公证仅证明协议签署过程的真实性，不直接赋予违法内容合法性。

3. 双方意思表示真实的必要性
   公证要求双方在签署协议时具有完全民事行为能力，且意思表示真实（非受欺诈、胁迫）。例如：

   • 若妻子以“不公证就离婚”等理由胁迫丈夫签署协议，丈夫可依据《民法典》第一百五十条主张撤销协议；
     
   • 若丈夫因重大误解（如误以为协议仅涉及部分财产）签署协议，可依据《民法典》第一百四十七条请求撤销。
     提示：公证机构在办理公证时会对双方进行询问并记录，若发现意思表示不真实，可能拒绝公证。

4. 公证程序的合法性
   公证需由具备资质的公证机构按法定程序办理，包括：

   • 双方亲自到场（特殊情况可委托，但需符合《公证程序规则》）；
     
   • 提交身份证明、财产证明等材料；
     
   • 公证员对协议内容进行审查并制作公证笔录。
     风险点：若公证程序存在瑕疵（如未核实身份、未记录询问内容），可能影响公证效力，但实践中此类情况较少。

建议：

• 若您与妻子拟签署公证协议，建议先明确协议目的（如财产规划、债务隔离等），并确保内容符合法律；
  
• 签署前可共同咨询律师，对协议条款进行合法性审查；
  
• 公证时如实陈述事实，避免隐瞒或虚假陈述，否则可能导致公证被撤销。
  

如有具体协议内容或场景需要分析，可直接向我提问，我会结合细节进一步解答。