当您在诉讼期间发现公司倒闭时，确实需要采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是根据公司倒闭的不同情况，为您提供的详细指导：
一、公司正在进行破产清算程序
及时申报债权：
- 您应立即与法院指定的破产管理人取得联系，向其申报您的债权。申报时，请务必提供合同、发票、对账单等相关证据材料，以证明债权的存在和具体金额。同时，要注意在规定期限内完成申报，否则可能会被视为放弃债权。
参与债权人会议：
- 积极参加债权人会议，这是了解破产程序进展情况的重要途径。在会议上，您可以对涉及债权人利益的重大事项发表意见，并行使表决权，以维护自己的权益。
按照破产清算程序受偿：
- 破产管理人会负责清理、评估和变现公司财产，并按照法定顺序清偿债务。通常，清偿顺序为：职工工资及补偿金、社会保险费用和税款、普通破产债权。您作为债权人，将按照这一顺序受偿。
二、公司已经注销
合法注销情况：
- 如果清算组已知您对公司的债权但未通知您申报，或者您未能及时申报而未获清偿，您可以向清算组成员主张赔偿责任。
- 如果债权在公司清算时未被发现或未被申报，且公司已合法注销，一般情况下，您可能难以再向公司主张权利。但如果您能提供公司股东或第三人承诺对公司债务承担责任的证据，那么您可以根据承诺内容向相关责任人主张权利。
违法注销情况：
- 如果公司在注销过程中存在违反法律法规的情形，如未经依法清算、虚假清算、骗取公司注销登记等，导致您作为债权人的利益受损，您可以向法院提起诉讼，要求相关责任人（如股东、董事、监事、经理等）承担赔偿责任。
三、公司停止经营但未注销
寻找公司财产线索：
- 您可以通过调查公司的财务状况、银行账户、业务往来记录等，寻找剩余货物、设备、应收账款等财产线索。一旦发现，应立即向法院申请财产保全措施，以防止财产被转移或隐匿。
追加股东为被告：
- 如果公司股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任、逃避债务、严重损害公司债权人利益的行为，如未足额出资、抽逃出资、转移公司财产等，您可以向法院申请追加股东为被告，要求其对公司债务承担连带责任。
四、通用建议
寻求法律援助：
- 如果您对破产程序不熟悉或感到困惑，建议咨询专业律师或法律机构。律师可以帮助您评估债权的有效性、制定策略、准备法律文件，并为您提供专业的法律意见。
保持耐心和冷静：
- 破产程序往往复杂且耗时较长，您需要保持耐心并密切关注程序进展。同时，保持冷静和理性，避免盲目行动或听信不实传言，以免给自己带来不必要的损失。
考虑其他救济途径：
- 如果公司倒闭导致的损失无法得到充分赔偿，您可以考虑通过其他途径寻求救济。例如，提起民事诉讼或刑事诉讼追究责任人的过失或欺诈行为，以维护自己的合法权益。
综上所述，当起诉的公司倒闭时，您应根据具体情况及时采取措施保护自己的权益。通过申报债权、参与债权人会议、寻求法律援助以及考虑其他救济途径等方式，您可以尽可能地减少损失并维护自己的合法权益。