结论：在调解案件中，若您已偿还部分款项但法院未经通知直接冻结您的微信，这一行为是否合法需分情况讨论。一般来说，若法院依据有效法律文书且符合法定程序冻结，则是合法的；若未遵循法定程序或冻结依据不足，则可能不合法。

一、法院冻结微信账户的法律依据与程序

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行过程中有权对被执行人的财产采取冻结、划拨等强制措施。这包括银行账户、微信钱包等电子支付账户。法院冻结微信账户通常需满足以下条件：

1. 存在有效的法律文书：如判决书、调解书等，明确您需承担的债务或义务。
2. 债务未履行：您未按法律文书确定的时间、金额履行还款义务。
3. 符合法定程序：法院在冻结前应向您送达执行通知书，告知冻结事宜及救济途径。但在某些紧急情况下，如您可能转移财产，法院可先采取冻结措施，再补送通知。

二、您已偿还部分款项的情况分析

1. 若偿还部分款项后，剩余债务仍需履行：

   • 若您已偿还部分款项，但剩余债务仍需按法律文书履行，且您未按时履行剩余债务，法院在符合法定程序的情况下，有权冻结您的微信账户以保障债权人的权益。
   • 在此情况下，若法院已依法送达执行通知，冻结行为是合法的。您应尽快与法院或债权人沟通，了解剩余债务情况，并尽快履行以解除冻结。

2. 若偿还部分款项后，债务已全部履行或法院未依法通知：

   • 若您已偿还全部债务，或法院在冻结前未依法向您送达执行通知，冻结行为可能存在问题。
   • 您有权向法院提出异议，要求法院解除冻结并说明理由。法院将审查您的异议，并根据审查结果作出相应处理。

三、您的权利与救济途径

1. 提出异议：如您认为法院冻结行为不合法或存在错误，可向法院提出书面异议，要求法院解除冻结并说明理由。
2. 申请复议：若法院驳回您的异议，您可在收到驳回通知后一定期限内向上一级法院申请复议。
3. 寻求法律援助：在处理此类纠纷时，您可寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

四、建议与提醒

1. 及时沟通：在偿还债务过程中，建议您与债权人保持沟通，确保双方对还款情况有清晰了解，避免不必要的纠纷。
2. 保留证据：保留好还款凭证、沟通记录等证据，以备不时之需。
3. 遵守法律：请务必遵守法律文书确定的义务，按时履行还款责任，以避免法律纠纷和不必要的损失。

若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。