结论：在您使用了救助基金，责任人赔偿后写了协议归他偿还的情况下，该协议的效力及后续处理需根据具体情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、协议的法律效力
协议内容合法性：
- 如果协议内容合法，即双方自愿、平等地达成协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。这意味着责任人需要按照协议约定来偿还救助基金。
协议签订过程：
- 协议的签订过程也需合法合规。如果协议是在欺诈、胁迫等不正当手段下签订的，那么该协议可能被视为无效或可撤销。因此，在签订协议时，双方应确保是在自愿、平等的基础上进行。
二、救助基金的偿还与追偿
救助基金的性质：
- 救助基金通常是为了救助那些因特定事件（如交通事故）而遭受损失且无法及时获得赔偿的人而设立的。它具有一定的公益性质，旨在保障受害人的基本权益。
责任人的偿还义务：
- 如果责任人已经通过协议承担了偿还救助基金的义务，那么他应当按照协议约定履行偿还责任。如果责任人未按照协议偿还，救助基金的管理机构或相关权利人有权依法追偿。
追偿的法律依据：
- 根据相关法律法规，救助基金的管理机构或相关权利人在责任人未履行偿还义务时，有权向责任人追偿。这通常包括通过法律途径提起诉讼或申请强制执行等方式。
三、可能存在的法律风险与建议
法律风险：
- 如果协议存在瑕疵（如内容违法、签订过程不正当等），可能导致协议无效或可撤销，从而影响救助基金的偿还和追偿。
- 如果责任人未按照协议偿还救助基金，可能会面临法律追偿和信用损失等风险。
建议：
- 在签订协议前，双方应充分了解协议内容，确保协议合法合规，并明确各自的权利和义务。
- 如果可能的话，可以寻求专业法律人士的帮助，对协议进行审查和修改，以确保其合法性和有效性。
- 在协议签订后，双方应严格按照协议约定履行各自的责任和义务，以避免不必要的法律纠纷和风险。
后续行动建议：如果您或相关方在协议履行过程中遇到任何问题或纠纷，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。