在职务犯罪案件中，若受贿人已将受贿款项退还给行贿人，法院在追缴时，原则上仍会向受贿人追缴该款项。以下是对此问题的详细分析：
一、追缴原则与法律依据
追缴原则：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这一原则同样适用于职务犯罪中的受贿款项，无论款项是否已被退还给行贿人。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑法》第三百八十六条及第三百八十三条对受贿罪的处罚作出了具体规定，其中明确提到了受贿所得数额及情节对量刑的影响，以及受贿人退赃作为量刑情节的考虑。
- 《中华人民共和国监察法实施条例》第二百零九条也明确了监察机关对违法取得的财物及孳息的追缴权力，以及要求公安机关等部门提供协助的情形。
二、追缴方式与具体操作
由监察机关或检察机关直接追缴：
- 监察机关在调查过程中，若发现受贿人已将受贿款项退还给行贿人，仍会依法决定追缴该款项，并可以要求公安机关等部门提供协助。
- 检察机关在办理职务犯罪案件时，也会依法对涉案财物进行查封、扣押、冻结，并在案件审结后依法作出处理，包括追缴已退还给行贿人的受贿款项。
通过人民法院判决追缴：
- 在受贿案件的审判过程中，人民法院会根据查明的事实和法律规定，对受贿人退还给行贿人的赃款作出处理。若认定该款项为受贿所得，法院将依法判决追缴。
- 法院在判决时，会综合考虑受贿人的退赃情况、受贿数额及情节等因素，依法作出公正的判决。
三、特殊情况下的处理
行贿人已将款项转移或挥霍：
- 若行贿人已将受贿人退还的款项转移至境外或挥霍一空，导致无法直接追缴原物，法院可能会根据《中华人民共和国监察法实施条例》的相关规定，依法追缴、没收其他等值财产。
第三人占有或使用行贿款项：
- 若行贿款项已被转交给第三人或由第三人实际占有、使用，且第三人明知款项来源违法而接受，如用行贿款购买的房产等，司法机关有权要求第三人退还与行贿款价值相当的财产。
四、法律意义与影响
对受贿人的影响：
- 受贿人主动退赃虽然能在一定程度上体现其悔罪态度，并在量刑时得到从轻考虑，但并不影响法院对其违法所得的追缴。退赃是受贿人应尽的法律义务，也是量刑时的一个考量因素，但并非免除追缴的理由。
对社会的影响：
- 确保违法所得全部被追缴，有助于维护法律的严肃性和公正性，同时挽回因犯罪行为造成的社会损失。这也是打击职务犯罪、维护社会公平正义的重要一环。
总结来说，在职务犯罪案件中，若受贿人已将受贿款项退还给行贿人，法院在追缴时仍会向受贿人追缴该款项。这是基于法律规定和追缴原则的必然要求，也是维护法律严肃性和公正性的重要体现。若您或您身边的人遇到此类问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。