上班迟到三分钟打卡的具体后果，需结合公司规章制度及劳动合同约定综合判断，常见情形如下：

1. 公司无明确处罚规定
   若公司《员工手册》或劳动合同中未对迟到行为设定具体处罚条款（如扣工资、警告等），则迟到三分钟通常仅视为轻微违纪行为。此时公司可能采取口头提醒、记录考勤异常等柔性管理措施，一般不会直接产生法律后果。但需注意：若公司长期默认此类行为，可能被认定为形成”实际履行的规章制度”，后续若突然处罚可能引发争议。

2. 公司有明确处罚规定
   若规章制度明确规定”迟到X分钟以内扣减X元工资”或”累计迟到X次构成严重违纪”，则需分情况讨论：

   • 处罚合理性：根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定并公示。若处罚条款未履行法定程序（如未召开职工代表大会讨论、未向员工送达等），员工可主张处罚无效。
     
   • 处罚比例性：即使制度合法，处罚力度也应与违纪程度相当。例如迟到三分钟扣半天工资，可能因显失公平被认定为违法；但扣减当日迟到时段对应工资（如三分钟工资）通常合法。
     
   • 累计处罚风险：若公司规定”单次迟到三分钟不处罚，但累计三次视为旷工一天”，需注意：旷工认定需以员工实际未提供劳动为前提，仅因迟到累计推定旷工可能缺乏法律依据。

3. 特殊行业或岗位的例外情形
   对于需严格考勤的岗位（如生产线工人、医护人员、司机等），迟到三分钟可能直接影响工作秩序或安全，公司可能依据行业特性制定更严格的处罚标准。但此类规定仍需符合前述合法性及合理性要求。

建议行动：

• 立即查阅公司《员工手册》及劳动合同中关于考勤管理的条款；
  
• 若遭遇不合理处罚，可先与公司HR沟通协商，要求出具书面处罚依据；
  
• 如协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张撤销处罚或要求赔偿。
  

温馨提示：日常工作中建议保留考勤记录、处罚通知等证据，以备维权之需。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询劳动法相关问题。