事业单位与劳务派遣公司签订合同确定工资时，主要依据劳务派遣协议、劳动合同以及相关法律法规，具体确定方式如下：

1. 劳务派遣协议中的约定
   事业单位作为用工单位，与劳务派遣公司签订的《劳务派遣协议》是确定工资的核心依据。协议中应明确约定：

   • 工资标准：包括基本工资、绩效工资、奖金、补贴等具体构成；
     
   • 支付方式：由劳务派遣公司直接支付给劳动者，或由事业单位代发后与派遣公司结算；
     
   • 调整机制：如遇政策调整、物价变动或岗位变动，工资如何调整需提前约定。
     法律依据：根据《劳动合同法》第五十九条，劳务派遣协议应载明劳动报酬和社会保险费的数额与支付方式。

2. 劳动合同中的约定
   劳务派遣公司（用人单位）与劳动者签订的《劳动合同》中，必须明确：

   • 工资数额：不得低于劳务派遣协议约定的标准，且需符合当地最低工资规定；
     
   • 支付时间：至少每月支付一次，工资支付日遇节假日或休息日应提前支付；
     
   • 同工同酬原则：劳动者在事业单位从事相同工作，应享受与事业单位直接聘用员工同等的工资待遇（含福利、补贴）。
     法律依据：根据《劳动合同法》第六十条，劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给劳动者的劳动报酬，且需履行同工同酬义务。

3. 最低工资标准的强制要求
   无论劳务派遣协议或劳动合同如何约定，劳动者工资均不得低于当地政府公布的最低工资标准。若事业单位或派遣公司违反，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   法律依据：根据《劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

4. 特殊情况下的工资确定

   • 加班工资：劳动者在事业单位加班的，派遣公司需按《劳动法》第四十四条支付加班费（平日1.5倍、休息日2倍、法定假日3倍）；
     
   • 工伤待遇：劳动者因工受伤的，派遣公司需承担工伤保险责任，工资福利按《工伤保险条例》执行；
     
   • 经济补偿：合同解除或终止时，派遣公司需按《劳动合同法》第四十六条、第四十七条支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。

建议：事业单位与劳务派遣公司签订协议时，应明确工资条款并告知劳动者；劳动者在签订劳动合同时，需仔细核对工资标准及支付方式，保留相关证据。若发生纠纷，可依据协议、合同及法律法规主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询。