公司擅自更改工资结构是违法的。这一结论主要基于以下几点法律分析和解释：
违反劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，方可变更劳动合同约定的内容，且此变更必须采用书面形式。工资结构作为劳动合同的重要组成部分，其任何变更都必须经过双方协商并书面确认。因此，公司若未经劳动者同意擅自更改工资结构，即单方面变更了劳动合同的重要内容，这直接违反了劳动合同的约定，损害了劳动者的合法权益。
侵害劳动者权益：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动者生活的主要来源。公司擅自更改工资结构，可能涉及降低工资、改变工资构成比例等，这些行为都直接侵害了劳动者的劳动报酬权。同时，这种行为也可能影响劳动者的知情权与选择权，因为劳动者有权清晰了解自己的工资构成和支付情况。
可能引发劳动报酬支付风险：
- 擅自更改工资结构可能导致工资支付的不确定性增加，如工资发放时间、发放方式等可能发生变化。这不仅给劳动者带来不便，还可能引发劳动报酬支付风险，如工资拖欠、克扣等。
面对公司擅自更改工资结构的情况，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司沟通协商：
- 劳动者应首先回顾劳动合同中关于薪资的明确约定，作为维权的法律依据。然后，积极与单位的人力资源部门或上级领导进行沟通，明确指出单位擅自更改工资结构的行为对自己权益的影响，要求单位解释更改原因，并提供相关依据。在沟通过程中，务必保留好所有相关的证据，如谈话记录、邮件往来、通知文件等。
向劳动监察部门投诉：
- 若与单位的协商未能取得满意结果，劳动者可向当地劳动行政部门的劳动监察机构进行投诉，请求其介入调查并纠正单位的违法行为。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并保护劳动者的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 当上述途径均无法解决问题，且单位的更改行为确实违反了劳动合同的约定或法律法规时，劳动者可选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。在申请仲裁或提起诉讼前，劳动者需准备充分的证据材料，包括但不限于劳动合同、工资单、银行工资流水明细、单位更改工资结构的通知或文件、与单位沟通协商的记录等，以证明自己的主张。
特殊情况说明：
- 如果公司事先与劳动者进行了充分沟通协商，并且得到了劳动者的明确同意（最好以书面形式确认），同时新的工资结构符合法律法规的规定，那么这种更改可能是合法有效的。但这种情况需要满足严格的条件，且实践中较为少见。
综上所述，公司擅自更改工资结构是违法的行为，劳动者应依法维护自己的合法权益。在处理此类问题时，劳动者应保持冷静理性，采取合法有效的措施进行维权，并确保保留好所有相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。