在征收部门没有主体资格的情况下，一般应以组建该部门的政府或其上级政府为被告。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，行政诉讼的被告应当是作出具体行政行为的行政机关。当征收部门没有主体资格，即其并非依法设立或授权的行政机关，却实施了征收行为时，从法律原则和诉讼实践的角度出发，应追溯至组建该部门的政府或其上级政府作为被告。这是因为，非法设立的部门或机构的行为后果，应由其组建者或上级承担法律责任。
二、具体情形分析
征收部门为非法设立或授权：
- 若征收部门并非依法设立，或者虽然设立但未经合法授权进行征收活动，那么其征收行为应被视为无效。在此情况下，受影响的公民、法人或其他组织有权提起行政诉讼，要求确认征收行为无效，并追究相关责任。此时，被告应为组建该非法部门的政府或其上级政府。
征收部门超越职权范围：
- 即使征收部门是依法设立的，但如果其超越了法律、法规规定的职权范围进行征收，同样构成违法。在此情况下，受影响的主体也可以提起行政诉讼，要求撤销或确认违法征收行为。此时，被告同样应为该征收部门的上级政府或有权机关，因为上级政府或有权机关有责任监督下级部门的行政行为，确保其合法合规。
三、诉讼实践与建议
- 收集证据：在提起行政诉讼前，受影响的公民、法人或其他组织应尽可能收集相关证据，包括征收部门的设立文件、授权文件、征收公告、征收补偿协议等，以证明征收部门的非法性或超越职权范围的行为。
- 咨询专业律师：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议受影响的主体在提起诉讼前咨询专业律师，以获取专业的法律意见和诉讼策略。虽然此处我作为王晓芳律师已经给出了一般性的法律建议，但每个具体案件都有其独特性，需要具体问题具体分析。
- 关注诉讼时效：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，提起行政诉讼有一定的时效限制。因此，受影响的主体应在知道或应当知道征收行为违法之日起一定期限内提起诉讼，以免丧失诉讼权利。
综上所述，当征收部门没有主体资格时，一般应以组建该部门的政府或其上级政府为被告。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。